Набеги Черниговского должны были вызвать противодействие со стороны китайцев. После неудачной попытки дипломатическим путем прекратить грабежи, летом 1670 года под Албазиным появился китайский флот, к которому затем присоединилась и кавалерия, и приступил к осаде. Черниговский построил кругом города деревянный вал и отсиделся за ним. Тем не менее, было ясно, что без помощи со стороны государства наши разбойники не в состоянии удержаться на Амуре. Поэтому в 1671 году решено было отправить в Москву делегацию с ходатайством об амнистии. Правительство было поставлено в затруднительное положение: с одной стороны, убийство воеводы его подчиненными не могло остаться безнаказанным, с другой – возобновление Албазина и завоевание вновь Амура заслуживало поощрения и награды. В конце концов, оно вышло блестяще из затруднения. 15 марта 1672 года состоялся указ, по которому Черниговский и 16 его ближайших сообщников приговаривались к смертной казни, а прочие примкнувшие к нему бунтовщики к кнуту и отсечению одной руки, но через день, 17 марта, по случаю именин Царя, последовала Всемилостивейшая отмена приговора, и преступники были осыпаны наградами: Черниговский был назначен приказчиком в Албазин; его войску послано 2000 рублей жалованья.
С этого момента Албазин быстро заселяется. В окрестностях города возникает, по желанию албазинских казаков, Спасский монастырь, селятся пашенные крестьяне, распространяются заимки и пашни. Достаточно сказать, что в середине 80-х годов в Албазинском уезде считалось уже более 300 человек крестьян. По слухам о богатом улове соболей, в Албазин съезжаются торговцы и промышленники; внутри города вырастают торговые лавки и амбары. Увеличивается и гарнизон Албазина, который быстро пополняется и русскими «гулящими» людьми, и промышленниками, и крещеными инородцами; попадается в числе албазинских казаков даже крещеный китаец. Из Албазина казаки продолжали энергично объясачивать туземцев по среднему течению Амура и построили несколько новых острожков по реке Зее и ее притоке Селинбе.
Официально Албазин считался подчиненным Нерчинску, но отдаленность, а, главное, особый характер, который носила Государева служба на Амуре, позволяли албазинским казакам жить у себя в Албазине по своему, так как им хотелось и казалось лучше. Они составляли как бы маленькую республику, в которой все дела вершились «по приговору всех албазинских казаков». Закинутые далеко на границу с Китаем, они редко и неаккуратно получали жалованье, зато и неохотно слушались распоряжений нерчинских воевод, которым были подведомственны и действовали за свой собственный риск. Начальников, присылавшихся из Нерчинска, они нередко отказывались принимать; самовольно набирали себе товарищей из свободных людей; даже собираемый ими с дикарей ясак они не хотели отсылать в Нерчинск, а раз отняли у сына боярского, посланного для сбора дани на Зею, собранные им меха, сказав: «Не замай ту казну, до указу оставайся в Албазинском остроге, а в Нерчинск мы тебе той казны везти не дадим», и говорили, что пошлют ее сами непосредственно в Москву. Такова была эта полуразбойничья республика, не признававшая, в сущности, ничьей власти.
В виду непокорности, которую проявляли албазинские казаки, нерчинский воевода Федор Воейков решил в начале 1682 года послать туда своего сына Андрея, чтоб потребовать выдачи соболиной казны. Но, узнав, что он не привез с собой для них жалованья, казаки и ему отказались подчиняться и 5 апреля ворвались к нему «с невежеством» на двор, взяли его насильно в свой казацкий круг и требовали у него 4000 рублей жалованья, предлагая продать Государев соболиную казну и вырученные деньги раздать в жалованье. По адресу воеводского сынка раздавались угрозы и оскорбления. «Как мы поплывем на Амгун вниз по Амуру реке, и ты будешь у нас в кашеварах!» – кричал казак Макисмка Столбов; остальные его не унимали и только говорили насмешливо Воейкову: «Мы за такого дурака не стоим и его не научаем; а чего он довелся, и ты по Государеву указу чини!» Это было легче сказать, чем сделать, потому что все албазинские служилые люди составили между собою «одиначную запись», чтоб им друг друга Федору Воейкову не выдавать. От брани дело грозило перейти и к насильственным действиям, и, находясь в «круге», молодой Воейков подвергался не только оскорбительным выходкам, но и опасности убийства.