Осенью 1936 года Вера Бражникова оказалась в центре конфликта между православной и протестантской молодежью. 8 июня 1936 года при Первом кружке объединения российской молодежи в гимназии Дризуля была открыта богословско-философская секция. Руководителем секции стал студент четвертого курса Богословского факультета Института св. Владимира (высшее учебное заведение, открытое в Харбине Русской православной церковью) Ю. П. Козлов, духовным руководителем был назначен протоиерей А. Пономарев. На открытии секции было дано благословение на ее работу от правящего архиепископа Русской православной церкви в Маньчжурии Мелетия. Целью создания секции было объяснение российской молодежи Харбина сущности православного учения, его отличия от «сектантства» и борьба с сектами610
. Изначально объединение не являлось межконфессиональным, тем не менее заинтересовало молодежь иных христианских общин, что привело к попытке диалога между церквями.На первом собрании присутствовало около 40 человек, из которых 15 – члены кружка, присутствовали и протестанты. Первые три собрания прошли спокойно, на четвертом выступили представители местных протестантских общин, после чего между ними и православной молодежью начался конфликт. Первый доклад, под названием «Возможно ли братство религий», сделал руководитель секции Ю. П. Козлов, после чего с речами выступили представители протестантизма: Бражникова, Швейдин, Петров, Родкин, Чикмарев, Шабанов и Скидельский. В своих выступлениях протестанты подвергли критике православие611
.По данным БРЭМ, руководитель секции подвергался нападкам и серьезным угрозам с первых заседаний, в канцелярию кружка приходили письма с просьбой исключить Ю. Козлова из‐за его критики неправославных церквей612
. Но и протестанты подверглись осуждению со стороны православной молодежи. В ответ на это Вера Бражникова 28 октября 1936 года на заседании философско-религиозной секции представила письменное заявление: