И вот в начале XII века город снова находится на осадном положении, пытаясь противостоять венецианцам. Желание заполучить его столь велико, что случается немыслимое. В 1202 году католический город захвачен и разграблен крестоносцами, то есть католическим же войском. Население было вынуждено покинуть опустошенный город и в срочном порядке бежать в сельскую местность. Этот факт, выходящий за пределы понимания, вписал имя Задара в мировую историю и вычеркнул участвующих в этом крестоносцев из числа христиан – всех их отлучил от церкви папа Иннокентий III. Известно, что произошло это по инициативе дожа (правителя) Венецианской республики Эрико Дандоло. Именно он предложил задолжавшим ему крестоносцам, в которых он вложился, снаряжая их в крестовый поход, напасть на город, в таком случае им будет предоставлена отсрочка по возвращению долгов. Король Хорватии и Венгрии Эмерик осудил крестовый поход, который совершила Божья армия при нападении на христианский город.
В 1204 году под руководством могущественного и влиятельного хорватского дворянина Домальда из Сидраги, владеющего Шибеником, Задаром, Сплитом, Клисом, Цетиной и другими далматинскими графствами и поместьями, большая часть беженцев вернулись и освободили город. Домальд на некоторое время станет герцогом Задара.
Но своей цели Венецианская республика все же добьется, и уже в 1205 году Задар снова окажется под ее властью. Население города отчаянно боролось за свою независимость, заручившись поддержкой венгерско-хорватского короля – Иштвана III, но все восстания подавят, и вплоть до середины XIV века город будет подчиняться Венеции, пока венгерские войска короля Людовика (Лайоша) Великого не отобьют его. Впрочем, праздновать победу задарцам придется недолго. В начале XV века, а именно в 1409 году Венецианская республика снова возьмет свое. Задар просуществует под ее юрисдикцией вплоть до 1797 года, когда эти территории перейдут к Австрийской империи.
Согласно сохранившимся историческим документам, население Задара в средневековый период состояло преимущественно из хорватов. Кардинал Бозон в 1177 году по пути в Венецию, сопровождая папу Александра III, в своих рукописях зафиксировал, что хорватский язык использовался в литургии. Жители Задара приветствовали папу пением хвалебных гимнов на хорватском, когда его корабли зашли в гавань города. Несмотря на то, что город пережил ряд осад и разрушений, период между XI и XIV веками считается временем его процветания. Продуктивная политика, опытные моряки и торговые достижения благотворно повлияли на его внешний вид и культуру. Основание Университета Задара, построенного доминиканским орденом в 1396 году, является одним из лучших доказательств расцвета культуры в то время. Внутри древнего города с архитектурой Римской империи возник средневековый город с множеством церквей, богатых монастырей и дворцов для влиятельных семей.
Величественную церковь Святого Доната построили в традициях византийской архитектуры в IX веке. Впервые церковь упоминается в Х веке в труде «Об управлении империей» византийского императора Константина Багрянородного. Изначально церковь была посвящена Святой Троице, но позже ее название изменили в честь Доната, ее основателя, влиятельного епископа и государственного деятеля, который внес огромный вклад в установление дипломатических связей Карла Великого и византийских императоров. В его церкви присутствуют черты как каролингской, так и византийской архитектуры, так как епископ Донат посещал Ахен – одну из столиц Карла – и Константинополь.
Церковь отличается простотой и техническим примитивизмом, известна своей уникальной круглой формой. Как отмечают историки, круглая форма храма типична для раннего Средневековья в Далмации. Высота здания – 27 метров, ширина – 22. Оно имеет три радиально расположенных апсиды (полукруглые углубления, своды) и амбулаторию (крытый проход вокруг монастыря), увенчанную круглой галереей. Церковь возведена по старым хорватским архитектурным традициям с использованием бутового камня и большого количества раствора. Изобилие архитектурных украшений внутри церкви говорит о периоде, связанном с византийской историей. Построена церковь на месте разрушенного римского форума, два опорных столба в ее основании являются элементами оригинальной постройки. Алтарные преграды и оконные ниши храмов этой эпохи часто украшаются так называемой плетенкой. Со времен Великого переселения народов «варварская плетенка», распространенный мотив в искусстве варварских племен, становится для Хорватии поистине национальным символом.
Напротив церкви Святого Доната расположена самая древняя постройка романского периода – церковь Святой Марии. Она принадлежит бенедиктинскому монастырю, который в 1066 году основала дворянка по имени Кика из Задара. На территории церкви сохранилась великолепная романская колокольня 1105 года постройки.