Сменявшие друг друга команданте бдительно следили за своим подопечным и не раз высылали «подозрительных людей», задерживали и перлюстрировали корреспонденцию. Но трудно выявить эмиссаров в потоке больных, приезжающих к знаменитому врачу. О многом Рисаль узнает раньше, чем его надзиратели. Глухие раскаты, предвещающие грозные события, доносят до него многие люди. И самое недвусмысленное свидетельство надвигающейся грозы приносит ему человек по имени Пио Валенсуэла. Он приезжает 21 июня 1896 года как сопровождающий слепого. На другой день он просит Рисаля о конфиденциальной встрече. Рисаль привык к подобным просьбам и приглашает гостя пройти к скамье под деревом — там их никто не услышит.
Гость сообщает Рисалю удивительные вещи. Катипунан, тайный союз, созданный в день объявления о ссылке Рисаля, превратился в массовую революционную организацию и имеет отделения по всей стране. Все члены Катипунана подразделяются на три ранга по ступеням посвящения: рядовые члены, которые опознают друг друга по паролю «сын страны», так называемые «солдаты» с паролем «Гомбурса» (по именам мучеников 1872 года Гомеса, Бургоса и Саморы) и, наконец, «патриоты», у которых паролем служит слово «Рисаль». В этом находит общее для всех революционеров отношение к Рисалю — для них он вождь всего народа. Так считает и руководитель Катипунана Андрес Бонифасио. 1 мая 1896 года штаб Катипунана (в помещении штаба висит портрет Рисаля, сам он избран почетным президентом) решает направить к Рисалю эмиссара. И вот сейчас этот эмиссар имеет честь беседовать с почетным президентом Катипунана.
Содержание их беседы остается предметом многочисленных контроверз для историков. Сам Рисаль так скажет об этом на суде: «О том, что замышляется восстание, я не знал до 1 или 2 июля, когда Пио Валенсуэла прибыл ко мне (ошибка Рисаля — Валенсуэла прибыл 21 июня. —
Пио Валенсуэла дает несколько иную картину, но надо иметь в виду, что мемуары он напишет через несколько десятков лет, кроме того, он сдастся испанским властям через неделю после начала революции и даст показания, на которых в значительной мере будет строиться все обвинение против Рисаля. После сдачи ему надо спасать жизнь, при написании мемуаров — репутацию, так что его свидетельство следует принимать с осторожностью. По его словам, Рисаль, подробно расспросив о деятельности Катипунана, произносит: «Итак, брошенное семя проросло. Решения Катипунана правильны, патриотичны, а главное — своевременны, ибо сейчас Испания ослаблена революцией на Кубе». Затем, по словам Валенсуэлы, он сообщает Рисалю, что в Катипунане 30 тысяч членов и что руководители не в силах предотвратить начало восстания — оно может вспыхнуть в любой момент. Рисаль якобы отвечает, что это ему представляется опасным, ибо нет оружия, нет поддержки иностранных держав, а филиппинская принсипалия тоже не поддерживает идею восстания. По последнему пункту, утверждает Валенсуэла. Рисаль якобы говорит: «Нет другого пути, кроме как привлечь в вашу организацию всех богатых и влиятельных лиц в Маниле и в провинциях. Вы могли бы воспользоваться услугами Антонио Луны — он умен и вхож во многие дома в Маниле. Кроме того, он мог бы руководить военными действиями, если вспыхнет вооруженная борьба». Далее, говорит Валенсуэла, он предлагает Рисалю возглавить революцию и тот якобы отвечает, что он «готов».
Свидетельству Валенсуэлы противоречит многое — и показания Рисаля, и его поступки. Но кое-что в рассказе Валенсуэлы, видимо, соответствует действительности. В частности, Рисаль скорее всего в самом деле рекомендует Антонио Луну: генерал революции Алехандрино пишет в своих мемуарах, что именно через него руководители Катипунана пытались установить контакты с Луной «по рекомендации Рисаля», но Луна категорически отказался участвовать в их действиях, по тем же мотивам, что и Рисаль; щелкнув себя по зубам, он спросил: «А чем воевать? Этим, что ли?» Не исключено, что Рисаль говорил и о Японии, и о необходимости привлечь припсипалию, но скорее не в контексте руководящих указаний, а возражая против вооруженного выступления.