После Тридентского собора, когда началась католическая реформа, всё изменилось. В эпоху Ренессанса и ещё во время Тридентского собора епископы, посвящённые «раскольническим» патриархом Константинопольским или «раскольническим» архиепископом Охридским, могли действовать, при явном разрешении Рима, среди греков и албанцев Южной Италии; их община была признана как собственная, достойная уважения церковь. Это признание они утратили вследствие новых порядков, установленных при Пии IV и Пии V. Теперь их епископов доставляли в Рим, и там они должны были отказаться от своих греческих традиций, которые прежде считались благодатными, а теперь характеризовались как заблуждения. Хотя вскоре после того Григорий XIII вернулся к традиции и вновь признал Константинопольского патриарха Иеремию и иерархов его патриархата собратьями по епископскому служению и не отрицал у греков существование церкви. Но уже при Сиксте V вновь распространились сомнения в церковности греков. В ответе, который был при нем в 1589 г. отправлен в Молдавию, шла речь о том, что принятие под юрисдикцию папы означает для молдаван гарантию спасения.
Ещё более отчётливо это выражено в булле, которой в 1595 г. Климент VIII предоставил унию русинам. В булле говорится, что тех, о которых папа явно полагал, что они находились «вовне», с унией он принял в церковь; и это им обеспечивает вечное спасение, потому что они обещают послушание Римской церкви и исправление того, что было у них ошибочным. Такое мнение о том, что представляли собой русины до унии, не имеет ничего общего с тем, что излагается в их ходатайстве и о чем они просили. В формулировках папской буллы речь идёт об экклезиологической позиции, которая распространилась среди латинян через несколько лет после Тридентского собора и, благодаря иезуитам, в особенности Петру Скарге, получила хождение в Польско-Литовском государстве. Она, видимо, произвела впечатление и на некоторых из тамошних русин, иначе было бы непостижимо, что римская точка зрения на унию нашла одобрение у части из них в Бресте. Остается надеяться, что богословско-историческая наука когда-нибудь выяснит, насколько была принята там ещё на рубеже XVI и XVII вв. новая экклезиология.
Из послания, отправленного Петром Могилой в 1645 г. в Рим, и из того факта, что он получил одобрение и у униатов предложенного им тогда пути примирения между обеими русинскими церквами, явствует, что наряду с противниками Брестской унии также часть её сторонников не были убеждены в посттридентском изменении экклезиологии. Послание противопоставляет единение, которое было достигнуто во Флоренции между двумя правоверными, в равной мере уважаемыми церквами и без вмешательства в наследие одной или другой стороны, брестским событиям, когда намеревались извлечь русин из состояния отсталости и ввести в единственно правоверную Римскую церковь.
Взгляд на Москву того времени проясняет ещё отчётливее убеждение Петра Могилы в равноправии обеих церквей. Русский Собор 1620 г. постановил, что при переходе латинян в православие необходимо крещение. Это было недвусмысленно обосновано тем, что латиняне отдалились от церкви и представляют ещё более худшую ересь, чем те еретики и раскольники, крещение которых отверг 95-й канон Трулльского собора. В большей степени это, с московской точки зрения, относилось к протестантам. В Москве даже назвали Лютера, не долго думая, «Еретик Еретикович».
В 1643 г. было заключено соглашение между московской царской семьёй и датским королевским домом о женитьбе принца на царской дочери. От принца требовали, чтобы перед женитьбой он крестился, так как Русская православная церковь не могла признать его крещения, но он возражал с негодованием. На переговорах, которые последовали, просили быть посредником Петра Могилу. Его точка зрения на это дело свидетельствует со всей очевидностью, что он явно отвергал все сомнения в церковности протестантов (и тем более оставшихся верными традиции западноевропейских христиан). Несправедливой, точнее сказать греховной, называет митрополит московскую позицию в письме к Вселенскому патриарху и спрашивает, кто смеет сомневаться в действительном крещении тех, кто истинно верует в Святую Троицу и над кем совершён этот обряд в соответствии с наставлениями Христа, во имя Отца и Сына и Святого Духа, водным путём и в согласии с общим Преданием Церкви. Константинопольский патриарх обязан был вмешаться и принять меры, если в Московском царстве «рискуют распространять сомнение в деле, которое яснее солнца», несмотря на то, что вся восточная церковь «имеет общее мнение» относительно этого.