Большие трудности испытывали и латиняне из-за «папского раскола», вследствие чего они порой были разделены на две или даже три партии. Благодаря избранию Мартина V (1417-1431) на Соборе в Констанце, казалось, было достигнуто согласие. Но его преемник Евгений IV вскоре после начала своего правления вступил в столь серьезный конфликт с Собором в Базеле, созванным ещё Мартином, но собравшимся лишь после возведения Евгения в папский сан, что вновь вернулись опасения, что разногласия внутри папства в действительности ещё не преодолены. Евгений хотел распустить Базельский собор, но вынужден был отказаться от этого намерения. Когда же он решил перенести заседания собора в Феррару, его распоряжению последовала лишь часть участников собора. В Базеле заседания продолжались; таким образом, в двух местах происходило одновременно два собора, каждый из которых отвергал другой. В 1439 г., когда в Соборе Евгения уже принимали участие греки, базельское собрание объявило Евгения низложенным и избрало Фелика V (1439-1449), антипапу, отставки которого удалось добиться лишь при преемнике Евгения Николае V (1447-1455).
Ввиду продолжительного раскола папства и многочисленных дисциплинарных проблем в западной церкви темы церковной реформы и церковного единства, прежде всего, ставились на соборах в Констанце, Базеле и Ферраре (соответственно во Флоренции, куда пришлось переехать из-за эпидемии чумы, разразившейся в Ферраре). Что касается церковного единства, то всем хотелось, чтобы и внутризападный папский раскол, и разделение между латинянами и греками были бы преодолены. Так что в участии греков были заинтересованы на всех этих соборах. Когда киевский митрополит Григорий Цамблак 18 февраля 1418 г. прибыл в Констанц
, это сразу стало общеизвестным. Впоследствии, в 1434 г., на Собор в Базеле приехал Исидор с двумя греками, как посланник византийского императора Иоанна VIII (1425 — 1448) и патриарха Иосифа II (1416 — 1439). Исидор был тогда настоятелем константинопольского монастыря св. Дмитрия. Позже, став киевским митрополитом, он сделался одной из важнейших фигур на Соборе в Ферраре — Флоренции. После долгих переговоров в ноябре 1437 г. в Италию была отправлена соборная делегация греков вместе с императором и патриархом, последовавшая в Феррару, куда был перенесен собор папой Евгением.Епископы каждой из сторон, встретившихся в Ферраре, придерживались мнения, что другая сторона отклонилась от правильного пути. Но при этом они не видели оснований для того, чтобы оспаривать таинство рукоположения этих епископов, и не ставили под сомнение полномочия их как церковных пастырей. Участники собора признали друг друга братьями в епископате в такой степени, что считали возможным совместно в одном соборе свидетельствовать об Истине и принимать решения для одной Церкви Божьей, в чем и состоит задача вселенских соборов. Совершенно серьёзно они искали решения тех богословских вопросов, которые апологетикой предшествующих периодов принимались за основания для раскола.
С особенной тщательностью изучался вопрос о филиокве; ему в дальнейшем была посвящена большая часть времени соборных обсуждений. Были представлены цитаты из сочинений отцов церкви и проведены тщательные исследования с серьёзными выводами. По этому поводу Й. Жиль отмечает, что употребление латинянами силлогизмов в учении о Троице и их мастерство схоластической аргументации не убедили греков, а делу объединения принесли больше вреда, чем пользы. Взаимопонимание стало возможным лишь тогда, «когда пришли к убеждению в том, что ни греческие, ни латинские богословы не заблуждаются, напротив, и те, и другие правы, поскольку в существенном придерживаются одного мнения, но выражают это в различной форме. Такое убеждение основывалось на аксиоме, которую не рискнул бы отрицать ни один из присутствовавших во Флоренции греков, это было само собой разумеющимся для всех: все святые святы благодатью одного Святого Духа, и в делах веры они должны быть согласны друг с другом. Противоположное представление означало бы, что Святой Дух действует в противоречии с самим собой. Действительно, святые могут выражать веру в различной форме, и при этом не противоречить друг другу. Каждое явное противоречие должно иметь объяснение и имеет его. Это аксиома, и как таковая может быть применима и в спорном вопросе о „филиокве“. Следует... при всех обстоятельствах устранять всякое мнимое противоречие, так как в реальности оно существовать не может. Что по видимости может быть различным, по существу должно быть тождественным... Следовательно, обе церкви имеют в основе одну и ту же веру. В таком случае они не только могут объединиться, но даже должны это сделать»
.