Церковь св. Фомы процветала в Индии, когда туда прибыли португальцы, и «христиане св. Фомы» были чрезвычайно обрадованы тем, что к ним пришли братья. Чувство духовного родства толкало их к общению с прибывшими, и эта открытость росла по мере утверждения господства португальцев, служа им поддержкой. Для миссии среди индийских язычников, которую предприняли португальцы, они учредили архиепископство в Гоa и почитали правильным подчинить «христиан св. Фомы» мощному архиепископству Гоа. Колониальные власти были живейшим образом заинтересованы в том, чтобы как можно скорее включить «христиан св. Фомы» в это архиепископство, потому что оно находилось под покровительством португальского короля, и церковная принадлежность к этому архиепископству означала политическую лояльность по отношению к португальской короне.
Однако «христиане св. Фомы» традиционно находились под омофором сирийского патриарха. Их церковная жизнь, которая никогда не испытывала влияния Западной Европы ни в области богословия, ни церковного права, ни в литургическом плане, сильно отличалась от того, к чему привыкли архиепископ Гоа и его клир. Ни архиепископ, ни отцы-иезуиты, которых он послал к «христианам св. Фомы», не были подготовлены к пониманию сирийских церковных обычаев. Архиепископ и иезуиты не знали архаических формулировок веры, которые они должны были прочесть в контексте богословской мысли, неизвестной тогдашней Западной Европе; они сочли их ересью. Литургический устав «христиан св. Фомы» они порицали как cyeверие, если не находили никакого эквивалента в западноевропейском богослужении, и сетовали на изъяны, если их собственным обрядам не было аналога в туземном наследии. Терпеливое проникновение в местные обычаи христианской жизни и партнерский диалог были бы плодотворны, с их помощью пришельцы могли бы научиться понимать и ценить древнее наследие местной церкви. Но они и не думали прислушиваться, а просто считали непонятные им учения еретическими и соответственно пагубными. Опираясь на слово Христа о миссии (по Матфею), они чувствовали себя посланными ко всем народам и думали быть для всех тех, к кому они придут, только учителями. Но если бы португальцы поняли, что наряду с западноевропейской могут существовать и другие традиции в Церкви Христовой, они были бы в состоянии оценить своеобразие церкви, которую они открыли. Для латинян XVI в. это было невозможно. Они считали собственную церковную традицию истинным образцом правоверия и Божьего благоволения, примером для церкви во всем мире.
Заботясь о чистоте веры, иезуит П. Франциск Роз составил в 1586-1587 гг. список вероучительных высказываний, которые были чуждыми для западноевропейского восприятия и звучали еретически. Чтобы действовать наверняка и чтобы священники «христиан св. Фомы» верно возносили хвалу святости церкви, миссионеры переводили латинский ритуал на сирийский язык и пытались склонить клир к его использованию. В 1599 г. собор в Диампере осудил все, что европейцы считали еретическим, санкционировав латинизацию богослужения и поставив «христиан св. Фомы» в зависимость от архиепископства Гоа и португальского патроната. В результате традиционная церковная жизнь «христиан св. Фомы» и связи с их сирийским патриархом сошли на нет.