Чтобы представить себе понимание унии, которое было тогда распространено в архиепископстве Гоа и среди тогдашних миссионеров, надо принять во внимание, кроме того факта, что португальцы чувствовали себя обязанными опекать «христиан en. Фомы» и что те сначала охотно это принимали, еще два обстоятельства, трудно объяснимые по сегодняшним понятиям. Первое — иезуиты действовали как епископы «христиан св. Фомы», когда те еще защищали учение, которое у иезуитских епископов считалось еретическим, и когда они еще придерживались таких церковных обычаев, которые португальцы считали «испорченными». На протяжении десятилетий «христиане св. Фомы» уже считались «присоединёнными», прежде чем собор в Диампере взялся за дело окончательной ликвидации «ересей» и «порчи». Исправления, которые считались неотложными, вовсе не требовалось сделать до присоединения к церковной полноте, напротив, в принявшей их церкви ожидали, что этот процесс займет десятилетия, как растет медленно созревающий плод. Поскольку все то, что связывало «христиан св. Фомы» с церквами Европы, несмотря на подвергавшиеся серьезной критике отклонения, считалось иезуитами и церковными авторитетами, которые посылали иезуитов, святым и по-настоящему ценным, это давало возможность видеть в «неочищенной» церкви «христиан св. Фомы» церковь-сестру европейских церквей, которой духовно помогали отцы-иезуиты. С другой стороны, в индийской миссии иезуитов одновременно с тем, что касалось «христиан св. Фомы», были предприняты успешные попытки адаптации церковной жизни к индийской культуре, и это связано с именем П. Роберта де Нобили. Деятельность иезуитов по адаптации к местным культурам была таковой во всех странах Восточной Азии. Можно привести в пример миссию в Китае, в которой исполнявшие там обязанности миссионеров отцы Матео Риччи
и Адам Шалль стремились к великодушию и предупредительности. В Японии за освоение местных традиций решительно выступил Алессандро Валиньяно, который в 1583-1587 гг. был провинциалом в Индии как раз в то время, когда Франциск Роз обвинил «христиан св. Фомы» в ереси.Естественно задаться вопросом: почему руководство миссии в Гоа не могло оставить без внимания обычаи у одних, в то время как проявляло терпимость в отношении других? Дело в том, что здесь существует принципиальное различие. Для миссионеров, которые хотели встретиться с индийскими, китайскими или японскими язычниками, латинско-западноевропейский тип христианства был неоспоримой исходной позицией всех размышлений. Исторически сложившееся целое их латинско-христианского населения не ставилось под вопрос, считалось с людьми, к которым они обращались, допускало адаптацию в деталях. Их цель была индийски, китайски, соответственно японски нюансированная разновидность привычной для них формы христианства. Совсем другое требовалось в случае с «христианами св. Фомы». Форма их христианства была обусловлена не западноевропейским влиянием и не позднеантичной греко-римской духовной традицией. Это были не видоизменения второстепенного свойства, наслоившиеся на то, что было привычно для миссионеров латинского обряда. Священники должны были признать совершенно другую традиционную форму христианства равнозначной их латинско-западноевропейскому наследию. Это было невозможным для латинян XVI и XVII вв. Они пришли, как думалось им, к «не вполне совершенным» христианам и к язычникам Индии, чтобы щедро передать им духовный опыт, которым обладала западноевропейская церковь. Иезуиты были готовы в такой мере к общности служения, что даже брали на себя епископские обязанности в церкви «христиан св. Фомы», — еще несовершенной, по их мнению, — заботясь о том, чтобы обогатить эту церковь духовными сокровищами западноевропейской церкви. Может ли и каким образом церковь «христиан св. Фомы» обогатить западноевропейскую церковь, этим вопросом они не задавались.
Среди «христиан св. Фомы», которые вначале были открыты для христианских миссионеров из-за моря, возникло недовольство, когда обнаружилось, что отечественное наследие не только не обогащается тем, что принесли европейцы, но даже вытесняется. Новое положение, к которому хотел привести собор в Диампере, поэтому было непрочным. Это обнаружилось, когда во второй половине XVII в. голландцы восстали против союзной с Португалией испанской короны и захватили господство в Южной Индии. Светская власть, теперь приверженная Реформации, больше не поддерживала католических миссионеров, и вскоре среди «христиан св. Фомы» раздался мощный призыв вернуться к отеческой традиции. Следствием этого был первый большой раскол в их среде.