Таким образом, предписания запрещали «communicatio in sacris» между верующими и священниками, подчиненными одному епископу, но придерживающимися разных обрядов. Даже с епископом, которому они теперь были подчинены, в епархии, к которой они принадлежали после реформы, «communicatio in sacris» восточным христианам было запрещено. Это превосходило самые ограничительные предписания, дававшиеся средневековыми папами насчёт отношений между верующими разных обрядов.
Благодаря вмешательству пап Пия IV и Пия V в латинской среде дало о себе знать изменение экклезиологической концепции. Она должна была постепенно распространиться в послетридентское время. Вследствие нового мышления была в противоположность прежнему поставлена под вопрос истинная церковность восточных епархий, не обладающих полнотой общения с римским первосвященником. Этим подготавливалось принципиально другое толкование отношений между латинянами и греками, нежели то, которое существовало в дотридентской экклезиологии, средневековой и представленной Флорентийским собором. Пройдет почти 200 лет, прежде чем это новое толкование будет воспринято повсюду и станет официальной позицией сначала латинской, а потом и греческой церкви. Но и за эти 200 лет, когда она ещё не повсюду была внедрена, мы часто будем сталкиваться с её представлениями. Они будут нас занимать попеременно с представителями дотридентских воззрений.
Меры, которые были предприняты Пием IV и Пием V, среди прочего препятствовали тому, чтобы латинские епископы рукополагали священников для подчиненных им греков и албанцев. Естественно, это не могло долго продолжаться. Для преодоления досадных последствий этого в 1573 г., в понтификат Григория XIII (1572-1585), который придерживался дотридентской экклезиологии, была учреждена «Конгрегация курии для реформы греков». Она и наследовавшие ей учреждения работали долгое время, и, когда после смерти Григория в Римской курии возобладала послетридентская экклезиология, в 1595 г. Климентом VIII (1592-1605) в «Perberis Instructio» были канонически изложены новые правила для христиан восточной церковной традиции, живущих в Южной Италии и на Сицилии под властью латинских правителей, на территории, подчиненной латинской церковной иерархии. Согласно ей, эти христиане, как показывает В. Пери
, не рассматривались больше как местная церковь во главе с собственным епископом, состоящая в общении с Римской церковью; напротив, они были причислены к итальянской епархии римского обряда в качестве индивидуальных верующих, за которыми признавали исключение из правил в богослужениях. Булла «Magnus Dominus», которую Климент VIII опубликовал для Брестской унии вскоре после утверждения «Perberis Instructio», несет на себе следы ее влияния.Христианская империя Востока исчезла после османского завоевания Константинополя, и в Западной Европе уже давно существовало несколько суверенных государств, так что нигде император больше не представлял всеобщей христианской руководящей силы. Если на заре нового времени какой-нибудь институт и мог питать надежду на призвание христианского мира к общему действию, то это могло быть только папство, вновь усилившееся после Тридентского собора. Григорий XIII, для которого продолжала жить старая идея единства христианского мира, исполненная одновременно духовного и мирского величия, пытался побудить всех христиан соединиться для обороны от турок и продолжить крестовые походы, в то же время он предпринимал серьёзные усилия в деле церковного единения. Как императоры были прежде убеждены, что для единства империи требуется единство церкви, так теперь видел Григорий в церковном единстве предварительное условие всехристианской оборонительной борьбы против турок, к которой он стремился. В. Пери документально излагает политику Григория на основе обширных архивных исследований, которые он провел, занимаясь отношениями Римской курии с Константинополем и Москвой в XVI в.