В то время некоторые нечестивцы имели следующую привычку: после того, как святой прочитывал Евангелие на литургии, они выходили из церкви и грязно ругались, а затем, на Херувимской, снова заходили в храм. Видя, что одними словами он не может искоренить это безстыдство, в один из дней святой вышел, облаченный в архиерейские одежды, из церкви к людям, которые там сидели. Увидев его, они изумились, а он сказал им: «Не удивляйтесь, там где овцы, должен быть и пастырь. Или мы все пойдем в церковь, или я тоже буду сидеть с вами». Этим поступком присноблаженный исправил тот обычай, и не пускал в церковь тех, кто не хотел исправляться, но изгонял их со словами: «Если пришел трудиться, будь внимателен, а если нет, то уходи, и не делай из дома Божия таверну и разбойничий вертеп». Вот так был украшен Иоанн всеми добродетелями, и все удивлялись, глядя на него, потому что был он раньше женатым мирянином, а патриархом его избрали, когда он даже не состоял в клире. Однако в совершенстве и добродетелях он превзошел тех, кто уже много лет были монахами, и с юности находились в клире.
Однажды к патриарху пришел один находившийся в гневе нищий и попросил милостыню. Тот велел своим людям дать ему десять динариев, которых нищему показалось мало, так что он пришел в такую дерзость, что стал бранить и поносить святого со всяким безстыдством. Патриаршие слуги рассердились на него за это и хотели побить, как и следовало бы сделать. Незлобивый же и кроткий Иоанн стал порицать их, говоря: «Оставьте, пусть поносит меня, как я заслужил, потому что шестьдесят лет исполнилось сегодня, как своей порочной и греховной жизнью я хулю моего Владыку, поэтому я достоин всякого поношения и муки». С этими словами он развязал мешок с деньгами и сказал нищему: «Возьми, чадо, сколько тебе нужно». Тот так и сделал.
И не только сам Иоанн был кроток и незлопамятен, но и других пытался всячески примирить и уберечь от скандала. Услышав о том, что правитель Александрии пребывает в сильной вражде с другим правителем, он послал к нему людей, с просьбой примириться со своим врагом, однако тот не захотел. Тогда святой позвал его в церковь для решения какого-то вопроса, связанного с его прямыми обязанностями. Когда властитель пришел в церковь, то уже шла литургия, служил патриарх. Правитель отстоял ее до конца, а когда в положенном месте стал произносить молитву «Отче наш...» и дошел до слов: «И остави нам долги наша, якоже и мы оставляем...», святой обернулся к нему и с великой кротостью сказал: «Задумайся над тем, что сам только что произнес, чтобы Бог простил тебя, как и ты прощаешь своего ближнего». Властитель пришел в сильное умиление и, обливаясь слезами, упал к ногам Иоанна, прося прощение. По завершении же литургии он примирился со своим врагом, от всего сердца простив его.
Как-то раз стояли рядом два клирика, которые по профессии были еще и сапожниками. У одного были отец, мать, жена, дети, которых он кормил трудом рук своих, и Господь посылал ему все блага, потому что тот весьма любил церковь, по заповеди Владыки: