Начавшиеся в сентябре 1979 года съемки продолжались все Рождество и заняли начало 1980 года. Линч хотел огромный холст для работы, и он снимал фильм для большого экрана, как вестерны и эпические фильмы. Атмосфера Лондона после индустриальной революции странная и привлекательная как в «Голове-ластике», так и в «Ронни-ракете»: и там, и там есть дым и копоть – среда, которой Линч блестяще манипулирует для достижения драматического эффекта. Оператором фильма был Фредди Фрэнсис, дважды удостоившийся премии «Оскар» и сыгравший центральную роль в определении того, как выглядело британское кино новой волны того периода. Широкоэкранный формат, который выбрал Линч, оставил для Фрэнсиса простор для игры со светом и тенью.
Большая часть истории Меррика происходит в Королевской больнице в Лондоне, где он проводит последние годы своей жизни. Снимать непосредственно там было невозможно – это действующее медицинское учреждение; более того, к 1979 году здание лишилось элементов, свойственных викторианской архитектуре. Вместо этого картину снимали в Восточном госпитале в Хомертоне, основанном в 1867 году. Когда сюда приехал Линч, он практически прекратил работу (окончательное закрытие произошло в 1982 году, а вскоре после этого здание снесли). В госпитале было множество палат, которые не использовались, и они идеально совпадали с представлениями режиссера о Королевской больнице викторианской эпохи. Несколько сцен было снято в районе Лондона Ист-Энд, где располагались самый убогие трущобы викторианского времени. Когда Линч вел съемки, там даже еще сохранились короткие полосы убитой мостовой того периода, но сейчас их давно уже нет. Линч говорил, что в Англии после 1980 года снять «Человека-слона» уже было бы невозможно. Он приехал туда как раз вовремя.
Линчу был по душе хрупкий блестящий мир больниц – с газовыми лампами, чугунными каминами, лакированными полами и изящными декоративными элементами из дерева. Вкупе с темнотой и грязью викторианских фабрик это создавало эстетику, безупречно ему подходящую. «Съемочной группе потребовалось время, чтобы приспособиться к его видению. «Первым требованием Дэвида было затемнить все, – рассказал Сэнгер. – Боб Картрайт, художник-постановщик от Стюарта Крейга, говорил: “Мы делаем эту работу и сами ничего не видим”. У Дэвида были очень четкие идеи касательно того, что он хотел, и когда он делал какой-либо выбор, то знал, каким получится результат».
«Дэвид всегда был лидером и авторитетом на съемочной площадке, – вспоминал Брукс. – Но за всем этим фасадом таился ребенок, который восторженно думал: “Ура! Мы делаем кино!” Он вел себя как взрослый, но фильмы снимал его внутренний ребенок».
На съемках «Человека-слона» Линч показал, что он настоящий режиссер, и что он хорошо сработался с опытными актерами, которые снимались в классическом кино. Игра Хопкинса – вне сомнения, одна из лучших в его карьере. «Есть сцена, где глаза Энтони Хопкинса наливаются слезами, и одна большая слеза срывается и падает – Дэвид смог поймать нужный угол и свет, чтобы это передать – просто поймал, – рассказал Брукс. – Дэвид мгновенно завоевывал симпатию, но были и моменты волнений. Джон Херт всегда его поддерживал, а Джон Гилгуд и Уэнди Хиллер были настоящими профессионалами. Если ты рядовой в армии, и мимо тебя проходит офицер, то ты отдаешь честь; Дэвид был их офицером. Энтони Хопкинс не добивался собственного увольнения напрямую, он лишь жаловался и говорил: “Не думаю, что у него есть полное понимание того, что здесь требуется сделать”».
Сэнгер вспоминал: «Хопкинс не шел на открытый конфликт, но он держался в стороне. Однажды он позвал меня к себе в гримерку и сказал: “Почему этому парню дали снимать фильм? Что он сделал? Он снял один маленький фильм. Я этого не понимаю”. В общем, Хопкинс не был доволен. Единственный раз, когда возникла проблема на площадке, случился, когда снимали сцену, где Тривз приводит Меррика домой, чтобы познакомить с женой. Хопкинс входит в прихожую с зеркалом на стене, и Дэвид хотел, чтобы Хопкинс заходил и смотрел в зеркало. Хопкинс отказался. Он сказал: “Мой персонаж этого не сделал бы”. Дэвид, в его прямолинейной манере, пытался убедить его, что это не противоречит логике, но Хопкинс отказался наотрез. В конце спора Дэвид сказал: “Ладно, я пересниму”, и вопрос был закрыт. В конце дня Дэвид заявил мне, что больше не возьмется за кино, персонажей которого прописывал не он, потому что ему не хотелось, чтобы ему говорили, что персонаж должен делать, а чего – нет».
Фиск сказал: «Снимать этот фильм было очень сложно, и Дэвид каждый день проходил через испытание. Там был тот паренек из Монтаны, Джон Гилгуд и Уэнди Хиллер, и мне кажется, они думали: “Кто этот человек из Америки? Они оба закате своей карьеры, и хотят вот так закончить? У меня есть фотография с Джоном Хертом в костюме человека-слона, а в ее нижней части написано: «Надеюсь, это того стоило».