Примерно в то же время в Ферганской долине, в районах Оша и Джалал-Абада, против Советской власти выступила так называемая «крестьянская армия» под руководством Монстрова. Вначале отряды, вошедшие в эту армию, предназначались для борьбы с басмаческими шайками, разорявшими русских крестьян. Но вскоре кулаки, белогвардейцы, меньшевики и эсеры при непосредственном участии английских агентов путем обмана спровоцировали измученных басмаческим разбоем крестьян-переселенцев на борьбу против Советской власти.
Классовая ненависть к Советской власти объединила басмачей и кулацко-белогвардейскую банду. 1 сентября 1919 года между Мадамин-беком и Монстровым был заключен договор о совместных действиях. Вовлеченная обманным путем в борьбу против Советской власти часть трудящегося крестьянства вскоре начала отходить от Монстрова. Этому во многом способствовала разъяснительная работа среди трудящихся, проводимая коммунистами и органами Советской власти. Только кулаки и различный деклассированный элемент продолжали совместно с басмачами разбойничьи набеги на города и селения Ферганы.
В начале сентября 1919 года объединенные силы Монстрова и Мадамин-бека захватили города Джалал-Абад и Ош. Красноармейцы и командиры ошского гарнизона героически сопротивлялись в течение полутора суток и только из-за предательства меньшевиков и эсеров, оказавшихся среди командиров гарнизона, вынуждены были сдаться. После занятия Оша противник развернул наступление на Андижан, Скобелев (Фергана) и Наманган. Особенно ожесточенные бои развернулись в районе Андижана. Они продолжались с 10 по 24 сентября. К 20 сентября 1919 года контрреволюционные силы численностью в 20 тысяч человек окружили город. В это же время в самом Андижане английской разведкой и буржуазными националистами был организован контрреволюционный заговор. Благодаря бдительности Чрезвычайной комиссии заговор своевременно был раскрыт. Коммунисты Андижана во главе с руководителем городской организации большевиков Г. М. Бильдиным мобилизовали трудящихся на защиту города. Вскоре на помощь андижанцам прибыл из Закаспия Казанский сводный полк под командованием А. П. Соколова и отряд во главе с М. В. Сафоновым. Соединенными усилиями защитников Андижана и прибывших частей удалось отогнать врага от города и нанести ему сокрушительный удар. 25 сентября осада Андижана была снята. Проследуя остатки разгромленной банды Мадамин-бека и Монстрова, советские войска 26 сентября освободили Ош, а 30 сентября Джалал-Абад.
Монстров и Мадамин-бек с остатками своей банды бежали в пограничную с Китаем крепость Гульча, где при содействии бывшего царского консула в Кашгарии Успенского и английской разведки образовали «временное правительство Ферганы». В состав этого «правительства» вошли Мадамин-бек, Монстров и Муханов — бывший генерал царской армии, командовавший гарнизоном крепости.
Английские империалисты оказали помощь Мадамин-беку оружием и деньгами. Кроме этого они сосредоточили свои войска на границе Китая с Советским Туркестаном, ожидая благоприятного момента для вторжения в Ферганскую долину. К концу 1919 года Мадамин-бек довел численность своей банды до 7 тысяч человек. Шайки басмачей снова начали совершать налеты на административно-политические центры и гарнизоны советских войск. Они жгли хлопковые заводы, уничтожали хлопок, разрушали железную дорогу, поджигали населенные пункты, терроризировали население, отнимая у него скот и продовольствие, убивали партийных и советских работников. В результате грабительских набегов басмачей хозяйственная жизнь Ферганской долины была парализована.
Весной 1920 года правительство Совете кого Туркестана и командование Туркестанского фронта приняли решение усилить борьбу против басмачей и добиться их ликвидации. С этой целью в конце мая 1920 года Фергана была разделена на районы, к каждому из них были прикомандированы определенные воинские части. Постоянную охрану районов несли мобилизованные коммунисты и члены профсоюзов. В основном же ликвидация басмачества в Фергане была возложена на 2-ю Туркестанскую дивизию, которой командовал до середины 1920 года Н. А. Веревкин-Рохальский, а затем Д. Е. Коновалов. По мере ликвидации очагов контрреволюции в Закаспии, Семиречье и в других местах в Фергану направлялись новые воинские части, в составе которых было много австрийцев, венгров, китайцев, сербов, словаков и чехов. Среди командиров и комиссаров частой, сражавшихся против басмачей, отличились Ю. Ибрагимов, В. Г. Клементьев, М. Ма Сан-чи, Я. Г. Мелькумов, П, Соколов, Я. Д. Чанышев, К. П. Ушаков, а также коммунистов Э. Ф. Кужелло, командовавший кавалерийской бригадой. В Фергану для непосредственного руководства военными действиями против басмачей приезжал командующий Туркестанским фронтом М. В. Фрунзе.