Одновременно с военными мерами Коммунистическая партия Туркестана и Турккомиссия ВЦИК и СНК провели мероприятия экономического характера, которые облегчали положение населения, пострадавшего от басмачей. Была открыта граница с Китаем для свободного пропуска хлеба и скота. Реввоенсовет Туркестанского фронта обратился к правительству РСФСР с просьбой об ассигновании средств на закупку за границей скота для раздачи крестьянскому населению районов, разоренных басмачами, а также о предоставлении правительством РСФСР кредита на закупку 5 тысяч пудов семенного зерна. Правительство РСФСР удовлетворило эту просьбу, и крестьяне Ферганы получили семенное зерно в кредит. Кроме того, было снижено государственное обложение дехкан, причем жители сильно пострадавших районов были совершенно освобождены от налогов. На восстановление разрушенных набегами басмачей ирригационной системы и хозяйств хлопкоробов Ферганы правительство РСФСР ассигновало 150 миллионов рублей. Для обработки полей хлопкоробов, которые не имели тягловой силы, использовались лошади советских учреждений и конных отрядов. Для ремонта сельскохозяйственных машин и орудий из Ташкента в Фергану был направлен вагон-мастерская. 14 июля 1920 года Пленум ЦК Коммунистической партии Туркестана принял решение создать особые комиссии для оказания экономической помощи населению, пострадавшему от басмачей. В это же время Реввоенсовет Туркестанского фронта организовал при Ферганском областном военном комиссариате продовольственную базу, откуда рабочие и дехкане получали помощь продуктами питания. Реввоенсовет Туркестанского фронта принял специальное решение об установлении особого продовольственного пайка рабочим, занятым в шахтах.
В связи с резким сокращением посевных площадей и ухудшением экономического положения дехкан, вызванными басмаческими набегами, все продовольственное дело в Фергане было передано в ведение продовольственных органов Туркестанского фронта.
Партийные и советские органы области провели среди населения огромную организационную и политико-разъяснительную работу. По всей области создавались сельские и волостные Советы, комитеты бедноты, союзы «Кошчи». Всего было организовано 167 сельских и волостных Советов, 27 партийных ячеек в частях и 63 — в районах области, 6 комитетов бедноты. Было проведено 340 митингов, на которых присутствовало более 240 тысяч человек.
Решающее значение для успеха борьбы против басмачей имело активное участие в ней широких масс трудящихся Ферганы, а также партийных и профсоюзных организаций, создававших повсеместно дружины самообороны. 12 августа областной съезд коммунистической организации Ферганы принял резолюцию об усилении вооруженной борьбы с басмачами, баями, русскими кулаками.
На борьбу с басмачеством было мобилизовано более 3 тысяч партийных работников области.
Все эти и другие политические и экономические мероприятия, проведенные Коммунистической партией Туркестана, Турккомиссией и Реввоенсоветом Туркестанского фронта, способствовали росту авторитета Советской власти среди трудящихся. Население Ферганы стало активно участвовать в строительстве и укреплении Советов в городах и кишлаках и в борьбе против басмачей.
Опираясь на поддержку широких масс трудящихся, Советская власть приняла решительные моры для ликвидации басмачества. 16 августа в Фергане было объявлено военное положение. Через некоторое время советские войска нанесли сокрушительный удар объединенному отряду Хал-Хаджи в районе Узгеня (Узген). Остатки этого отряда в октябре во время перехода через горный перевал попали под снежный обвал. Здесь погибли глава отряда Хал-Ходжа, четверо его помощников и более 40 басмачей. В январе 1921 года было нанесено решительное поражение отряду Курширмата. Посланный в погоню за ним советский кавалерийский отряд с 21 по 31 января неотступно преследовал шайку, навязывая ей бои, в которых басмачи потеряли более 200 человек убитыми и пленными. В марте 1921 года была разгромлена шайка другого курбаши — Исламкула.
Действия контрреволюции не ограничивались бандитскими налетами басмачей. Летом 1920 года произошло открытое выступление контрреволюционеров в Семиречье. Здесь ядро антисоветских сил составляли русские кулаки-колонизаторы, которых поддерживали баи, манапы и буржуазные националисты. Организаторы мятежа — бывшие офицеры и эсеры — были связаны с белогвардейскими бандами Анненкова и Дутова, действовавшими на территории китайской провинции Синьцзян. Сознавая безнадежность открытой борьбы против Советской власти, кулацки-белогвардейские вожаки выступили с демагогическим лозунгом: «Советская власть без коммунистов». Они стремились обмануть отсталых, плохо разбиравшихся в политике крестьян и солдат, выдавая себя за поборников «свободной народной» власти.