С 15 июля 1858 по 23 августа 1860 гг. настоятелем посольской церкви служил прежний ректор (с 1857 г.) Киевской Духовной семинарии и настоятель Киевского Николо-Пустынного монастыря архимандрит Петр (в миру Платон Алексеевич Троицкий, 1811–1873), будущий епископ Аккерманский, викарий Кишиневской епархии. Он был смещен, так как слишком явно поддерживал греческую сторону в назревавшем греко-болгарском церковном конфликте, что противоречило политической линии российского посольства, поддерживавшего славян. Новым настоятелем Никольского храма был назначен служивший в русской посольской церкви в Афинах архимандрит Антонин (в миру Андрей Иванович Капустин, 1817–1894), ставший впоследствии известным благодаря его выдающимся трудам в Русской Духовной Миссии в Палестине. Еще в 1859 г., в связи с возникшим болгарским национальным движением, митрополит Московский Филарет (Дроздов), ценивший ум и знания о. Антонина, рекомендовал Святейшему Синоду перевести его из Афин в Константинополь на настоятельской место, что и было сделано в короткие сроки[471]
.В апреле 1860 г. архимандрит Антонин, на дипломатические способности которого возлагались большие надежды, получил сообщение о переводе в Константинополь, 18 сентября того же года прибыл в столицу Османской империи. Здесь он быстро установил близкие отношения с Вселенским Патриархом, высшим греческим духовенством и русским дипломатическим корпусом. В Константинополе о. Антонин оказался в самом центре церковно-политической борьбы по болгарскому вопросу и по вопросу о монастырских имуществах в Молдавии и Валахии. Новому настоятелю было поручено заниматься болгаро-униатскими делами и выполнять некоторые поручения Синода в связи со вступлением на Константинопольский престол Патриарха Софрония. Наряду с этим о. Антонин изучал рукописи, памятники археологии и искусства, предпринимал научные экспедиции, и вскоре его имя стало одним из самых известных среди византологов. В 1862 г. он составил каталог 624 рукописей библиотеки иерусалимского Святогробского подворья в Константинополе. В следующем году о. Антонин по поручению Святейшего Синода исследовал на Афоне вопрос о подлинности Синайского кодекса Библии, подтвердив его древность (позднее, в 1868 г. он вел в Константинополе переговоры об окончательной передаче кодекса российскому правительству)[472]
.С первых дней своего пребывания на берегах Босфора архимандрит проявил большую заботу о приведении в порядок помещения Никольской церкви: в ней были заменены окна и покровы, кроме того, о. Антонин оставил для храма часть старинных икон, присылаемых из России для балканских Церквей. В конце 1861 г. у настоятеля появилась идея построить новое отдельное здание посольского храма в Пере, открытого и доступного для православных жителей Константинополя. Архимандрит начертил его план и через несколько лет с согласия посланника Н.П. Игнатьева написал Санкт-Петербургскому митрополиту Исидору (Никольскому), попросив содействия, однако проект был отвергнут Министерством иностранных дел[473]
.В это время клир посольской церкви состоял из шести человек: архимандрита, иеромонаха, иеродиакона и трех причетников-певчих. Некоторые из них, помимо о. Августина, занимались историко-богословскими и историко-церковными изысканиями и были известными учеными. Так, например, иеродиакон Никольской церкви с 1856 по 1865 гг. служил выпускник Санкт-Петербургской Духовной Академии о. Акакий (в миру Александр Иванович Заклинский, 1836–1902). В 1858 г. он посетил Афон и написал исследование «Св. Григорий Палама, архиепископ Солунский», за которое в 1864 г. был удостоен степени кандидата богословия. Впоследствии о. Акакий стал епископом Балтским, затем Енисейским.
Важную роль в развитии русской церковной деятельности в Османской империи сыграл граф Николай Павлович Игнатьев, служивший российским посланником в Константинополе в звании чрезвычайного и полномочного посла (с марта 1867 г.) почти 13 лет, в июле 1864 – апреле 1877 гг., вплоть до начала Русско-турецкой войны. Н.П. Игнатьев высоко ценил дипломатические способности о. Антонина и нашел в его лице деятельного помощника. В 1865 г., во время дискуссий по поводу дел Русской Духовной Миссии в Иерусалиме, не желая расставаться с архимандритом, посланник разработал проект, согласно которому Миссия и константинопольская посольская церковь должны были управляться одним лицом, однако этот план оказался невыполнимым. Отец Антонин, в свою очередь, с осени 1864 г. безрезультатно выступал за учреждение в Константинополе апокрисиариатства – духовного представительства Российской Православной Церкви в Османской империи Миссии, независимого от Министерства иностранных дел. Этот вопрос также ставился митрополитом Московским Филаретом (Дроздовым). В дальнейшем идею назначения в Константинополь апокрисиариев – представителей автокефальных Православных Церквей поддерживал Вселенский Патриарх Иоаким III, однако реализована она не была[474]
.