Его первой задачей было укрепить свое положение в качестве султана. В Египте его приняли без сомнений, но в Дамаске захватил власть другой эмир-мамлюк по имени Санджар аль-Халаби. Санджар пользовался популярностью в Дамаске; и одновременное наступление монголов на Халеб угрожало вырвать Сирию из-под контроля Бейбарса. Но правители-Айюбиды Хомса и Хамы разбили монголов, а Бейбарс тем временем подступил к Дамаску и разгромил войска Санджара у города 17 января 1261 года. Жители Дамаска бились за Санджара, но Байбарс подавил их сопротивление. Затем он разобрался с Айюбидами. Правителя Керака заманчивыми посулами уговорили признать власть султана и затем тихо устранили. Аль-Ашрафу из Хомса оставили его город вплоть до его смерти в 1263 году, после чего Хомс аннексировали. Только в Хаме одна ветвь династии сумела просуществовать под пристальным надзором в течение еще трех поколений. Бейбарс, кроме того, хотел придать своему правлению религиозную санкцию. Какие-то бедуины привели в Каир темнокожего человека по имени Ахмед, которого объявили дядей покойного халифа. Бейбарс сделал вид, что проверил его родословную, и приветствовал его как халифа и религиозного лидера ислама, но не дал ему никакой реальной власти. Ахмеда, получившего новое имя аль-Хаким, вскоре послали на войну — вернуть Багдад из рук монголов. Когда во время этой попытки, которую Бейбарс поддержал очень слабо, аль-Хаким погиб, халифом номинально стал его сын. Эта невразумительная династия сомнительных Аббасидов сохранялась в Каире до тех пор, пока продолжалось правление мамлюков.
Следующей задачей султана было наказать христиан, помогавших монголам. Особенно ненавистны ему были король Армении Хетум и князь Антиохии Боэмунд. В конце осени 1261 года Бейбарс послал армию овладеть Халебом, чей мамлюкский правитель проявил неподчинение, а также совершить масштабные рейды на территорию Антиохии. На следующее лето его набеги стали заходить еще дальше. Мусульмане разграбили гавань Святого Симеона. Под угрозой оказалась и сама Антиохия, но Хетум обратился к Хулагу и успел прибыть с войском монголов и армян, чтобы ее спасти. Силы монголов на северо-востоке Сирии были еще достаточно велики, чтобы противодействовать Бейбарсу, поэтому он прибег к дипломатии. Хан Золотой Орды Берке к тому времени отрыто перешел в ислам и был готов объединиться с Бейбарсом. Один из двух сельджукских султанов Анатолии — Кей-Кавус, который лишился своих земель из-за альянса между монголами, византийцами и собственным братом Кылыч-Арсланом, бежал к Берке, и затем его послали назад с помощью от Золотой Орды и Бейбарса, а вождя туркменов Карамана, укрепившегося юго-восточнее Коньи, можно было использовать для постоянного давления на армян.
Франки Акры надеялись, что их содействие мамлюкам во времена айн-джалутской кампании убережет их от недружественных посягательств. Но когда Жан Яффский и Жан Бейрутский приехали к нему в лагерь в конце 1261 года, чтобы договориться о возврате пленных франков, захваченных за последние годы, и об исполнении данного султаном Айбеком обещания возвратить Зирин в Галилее или компенсировать его денежной суммой, Бейбарс отказался выслушать их, хотя, как видно, ему нравился Жан Яффский, а пленников вместо этого отправили в трудовые лагеря[77]
. В феврале 1263 года Жан Яффский нанес второй визит к султану, который тогда стоял у горы Фавор, и тот обещал ему заключить перемирие и обменяться пленными. Но ни тамплиеры, ни госпитальеры не соглашались отдать находившихся в их руках мусульман, поскольку все они были опытными мастерами и представляли материальную ценность для орденов. Сам Бейбарс был возмущен такой торгашеской жадностью. Он прервал переговоры и пошел на территорию франков. Разграбив Назарет и уничтожив церковь Девы Марии, он внезапно налетел на Акру 4 апреля 1263 года. Под стенами последовал ожесточенный бой, в котором был тяжело ранен сенешаль Жоффруа де Саржин. Но Бейбарс еще не был готов осадить город. Он опустошил окрестности и отступил. Подозревали, что он договорился с Филиппом де Монфором и генуэзцами из Тира, но в последний момент христианская совесть удержала их от предательства.На границах не прекращались набеги и контрнабеги. Франкские города на приморской равнине находились под непрерывной угрозой. Уже в апреле 1261 года Балиан Ибелин, сеньор Арсуфа, отдал свою сеньорию в аренду госпитальерам, зная, что не в состоянии ее оборонять. В начале 1264 года тамплиеры и госпитальеры согласились объединить силы для захвата крошечной крепости Лизон, древнего Мегиддо, несколько месяцев спустя предприняли совместный рейд на Аскалон, а осенью французские войска, которые содержал Людовик Святой, проникли вплоть до окраин Бейсана к большой своей выгоде. Но в ответ мусульмане так разорили франкские территории южнее Кармеля, что жить там стало небезопасно.