Воспоминания об иностранной интервенции, захватившей глубоко страну, крестьянские восстания начала XVII в. побуждали московское правительство и сами посады в течение всей первой половины XVII в. заботиться об укреплении городов и монастырей. Так, каменная крепость Ипатьевского монастыря, возведенная в конце XVI в., в первой половине XVII в. была перестроена и усилена. Деревянная ограда Богоявленского монастыря в 1642-48 гг. была заменена каменной со всеми приспособлениями для обороны: ходовой площадкой, навесными бойницами, мощными башнями. Эти два богатых монастыря с каменными постройками вместе с деревянными Старым и Новым городом составили достаточно мощный военно-оборонительный узел Костромы. Помимо оборонного значения Старый и Новый город оказали существенное влияние на формирование плана города, своими выразительными архитектурными группами формировали его силуэт.
По писцовой книге Костромы („письма и меры дьяка Ивана Вахрамеева и подьячего Семена Молчанова — 6135 и 6136 гг. (1627–1628)“) в ней кроме соборов в Старом городе, в Ипатьевском и Богоявленском монастырях, других каменных сооружений не было. Описанные Вахрамеевым и Молчановым 34 церковных владения включали каждое по две деревянные церкви. В подавляющем большинстве они были „древены клецки“ (33 церкви), шесть — шатровых, одна — о пяти верхах, остальные, видимо, были зимние, совсем небольшие и обозначены как церковь „с трапезою“.
Лишь со второй половины XVII в. в городе начали строить каменные приходские храмы; первыми были широко известный своей красотой храм Воскресения на Дебре (1652) и прекрасная, ныне не сохранившаяся Троицкая церковь (1650).
Вся жилая и хозяйственная застройка города долго еще оставалась сплошь деревянной.
Как и в большинстве древнерусских городов, архитектурный центр Костромы в XVII в. составляли городские укрепления Старого и Нового города и монументальные общественные здания, размещенные на ее территории, а планировочная структура определялась главными дорогами, подводившими к воротам укреплений. Однако в Костроме планировка не получила законченной радиальной или кольцевой системы. Более четко, чем другие, был выражен радиус, бравший начало от Спасских ворот Старого города, проходивший через торг по Брагинской улице, и через Предтеченские ворота по Мшанской доходил до переправы на реке Костроме против Ипатьевского монастыря. Здесь же проходила и летняя дорога на Ярославль. (Зимой, когда Волга замерзала, дорога шла мимо села Городище.) К Предтеченским воротам Нового города подходила дорога из Галича (по Космодемьянской улице); к Ильинским воротам Старого города вела большая улица Боровая дебря, расположенная вдоль берега Волги; севернее ее — Русина улица с дорогой на город Плёс.
Нечеткость планировочной системы Костромы XVII в. обусловлена, видимо, тем, что до XV в. центр города находился на другом месте, а именно: на реке Суле. В плане XVII в. еще очень заметны направления многих улиц к этому древнему центру. Этими же причинами, видимо, надо объяснить и то, что северо-западная половина города, тяготеющая к реке Костроме и Ипатьевскому монастырю, имела более интенсивную застройку, чем северо-восточная, ориентированная на Боровую дебрю.
Кострома этого времени, вероятно, мало чем отличалась от других древнерусских городов, которые складывались свободно в зависимости от экономических причин, а их размеры, конфигурация кварталов часто подчинялись природным топографическим условиям. Улицы огибали болотца, пруды, обходили крутые подъемы, ища кратчайшие пути к главным административным и общественным зданиям.
Архитектурный облик Костромы XVII в., его массовую застройку, а также облик отдельных монументальных сооружений можно представить себе по аналогии с сохранившимися памятниками деревянной архитектуры на территории Костромской и смежных с ней областей. В прекрасно иллюстрированной книге 1672 г., рассказывающей об избрании на царство Михаила Романова, изображен Ипатьевский монастырь и перед ним — группа деревянных изб. Все они небольшого размера, бревенчатые, покрыты на два ската, фронтоны их рубленые; в торцовых фасадах расположено по два окна, а у тех, которые на подклетах, вход устроен с торца. Все они не имеют декоративных украшений, что характерно для северных изб.
Художественная выразительность сохранившихся старых крестьянских изб Костромской области достигается красиво найденными пропорциями как самого сруба, так и его фронтона, а также своеобразно поставленной висящей лестницей с крылечком- теремком. Одним из ярких декоративных элементов такой избы был обычно „дымник“ — труба для дыма топившейся по-черному печи. Богатые городские дома были значительно больше по размеру, имели более нарядные крыльца и разнообразные формы крыш, владения огораживались дощатыми заборами с воротами и калитками, украшению которых уделялось большое внимание.