11 июня командир Балтийской военно-морской базы С. Г. Кучеров отдал приказ № 1/оп, где поставил задачи подчиненным ему частям на период операции против Вооруженных сил Эстонии. В целом, частям
Балтийской военно-морской базы, по сигналу командующего КБФ, предстояло путем высадки десанта захватить острова Нарген (Найссаар) и Вульф (Аэгна), после чего, взаимодействуя с частями 65-го стрелкового корпуса, захватить Сууропскую батарею с суши, а также не допустить ухода кораблей эстонского, латвийского и литовского флотов в порты Швеции и Финляндии, внезапно с берега и моря захватить корабли эстонского военно-морского флота[2291]
. (Именно такой сценарий действий КБФ в случае войны с Эстонией – с захватом береговых батарей силами десанта – предвидело эстонское командование еще в начале 1930-х годов. Причем, одним из слабых мест считалась Сууропская 234-мм береговая батарея[2292].)В рамках решения общей задачи, коменданту Береговой обороны Балтийской военно-морской базы, вместе с приданными 43-м, 44-м и 45-м строительными батальонами и 33, 34 и 36-м инженерными батальонами, было приказано к исходу 13 июня организовать сухопутную оборону города Палдиски, оборонительных объектов п-ова Пакри, островов Эзель, Даго, Большой и Малый Рооге и аэродромов 10-й авиабригады, для чего немедленно приступить к строительству временных огневых точек. Далее, взаимодействуя с частями 65-го стрелкового корпуса, следовало силами 21-го мостовосстановительного батальона при поддержке 12-й железнодорожной батареи и бомбардировочной авиации захватить Сууропскую батарею, после чего соединиться с батальоном моряков в Минной гавани для захвата арсенала, щтаба эстонского флота и кораблей в Купеческой гавани[2293]
.12 июня Военный совет КБФ направил командующему Военно-воздушными силами флота генерал-майору В. В. Ермаченкову директиву, где поставил морской авиации задачи по поддержке десантной операции флота, по овладению эстонскими береговыми батареями. В частности, от ВВС КБФ требовалось произвести 30-минутную бомбардировку островов Нарген и Вульф с целью нейтрализации на них тяжелых артиллерийских батарей береговой обороны Эстонии. Причем главным объектом бомбоударов следовало считать
13 июня начальник Штаба КБФ Ю. А. Пантелеев отдал приказ № 1оп/312сс о блокаде побережья Эстонии, который был направлен командиру 6-го морского пограничного отряда НКВД. В приказе содержалось указание о введении блокады силами морской пограничной охраны, которые должны были осуществлять
В этот же день командиром Отряда легких сил флота Ф. И. Челпановым был отдан приказ № 2/оп о блокаде побережья Прибалтики. Как уже говорилось выше, именно Отряд легких сил КБФ отвечал за проведение морской блокады Эстонии, Латвии и Литвы. Для этого, ему были подчинены в оперативном отношении некоторые соединения подлодок[2297]
. Для прикрытия развертывания и действий КБФ, подводные лодки 2-й бригады подлодок должны были развернуться на позициях у шведских баз, лодки 3-й бригады – возле финских шхер. В рамках подготовки операции, штабом Отряда легких сил КБФ были разработаны «Указания кораблям и частям ОЛС на операцию по блокированию»[2298].В рамках подготовки операции, нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов своим приказом № 00148 распорядился перевести все соединения и части КБФ с 11 июня на оперативную готовность № 2[2299]
. В соответствии с данным приказом, Краснознаменный Балтийский флот в 11 ч. 35 мин. 11 июня 1940 года был переведен в оперативную готовность № 2, а в 19 ч. 30 мин. 16 июня на флот была введена оперативная готовность № 1. (Впрочем, по другим документам, в частности «Вахтенному журналу оперативного дежурного Штаба КБФ» и «Журналу боевых действий надводных кораблей КБФ», боевая готовность № 2 по флоту была введена 11 июня в 14 ч. 23 мин., а боевая готовность № 1 – 16 июня в 20 ч. 53 мин.[2300]) Начало развертывания соединений и частей флота произошло в 10 ч. 40 мин. 13 июня, а конец – в 22 ч. 14 июня[2301].