Следует заметить, что еще в офицерской молодости Анатолий Геккер критически относился к существующему строю. Поэтому 1917 год стал для него в жизни переломным. Он приветствовал Февральские события, которые для России обернулись свержением династии Романовых. Избирается в состав (солдатского) комитета 33-го армейского корпуса, выступает против «корниловщины». В сентябре 17-го офицер-фронтовик, орденоносец вступает в ряды партии большевиков.
Геккер на фронте ведет пропагандистскую, партийную работу. Активно участвует в создании военно-революционных комитетов (ВРК) на Румынском фронте. Октябрь встретил восторженно. В постановлении комитета 33-го армейского корпуса от 22 ноября, подписанном А. И. Геккером, говорилось следующее:
«Приветствуем Революционный комитет, как истинную демократическую власть в корпусе, созданную самими солдатами и офицерами, а не по указке сверху органа, оторвавшегося от солдатской массы и не отстаивающего интересы исстрадавшихся окопных жителей».
Русский фронт Великой войны митинговал. В ноябре месяце состоялся съезд Военно-революционного комитета 33-го армейского корпуса, на котором штабс-ротмистр Анатолий Геккер был избран начальником корпусного штаба. Это была генеральская должность, хотя таких чинов в разваливающейся русской армии уже не жаловали.
По сути дела, Геккер дублировал должность командира корпуса, взвалив на свои плечи львиную долю его забот. Шла демобилизация старой армии, которая зачастую принимала стихийный характер. Одновременно требовалось принять все возможные меры для поддержания боевой способности тех войск, которые еще не покинули фронт. Одновременно шло формирование частей и подразделений, способных выступить на защиту советской власти.
События развивались стремительно. 14 декабря 1917 года на съезде военно-революционных комитетов 11-го и 33-го армейских корпусов штабс-ротмистр Анатолий Геккер избирается начальником штаба знаменитой 8-й «брусиловской» армии и членом ее ВРК. И на этой выборной тогда должности он демонстрировал твердость характера и верности делу партии большевиков.
Судьба уготовила А. И. Геккеру стать одним из первых советских командармов. 23 января 1918 года на объединенном заседании исполнительного и военно-революционного комитетов 8-й армии штабс-ротмистр назначается временным командующим той же армии.
В этой должности Анатолий Геккер пробыл недолго, поскольку вскоре армия перестала существовать как таковая. Румынский фронт окончательно развалился, в России зачиналась Гражданская война. Уже в марте месяце большевик Геккер получает ответственное партийное собрание: отправиться в Донецкий каменноугольный бассейн для формирования пролетарской, красной Донецкой армии. Он становится ее первым командующим.
Особенностью этой армии было то, что она не только вела борьбу с контрреволюцией, но и обеспечивала Советскую Республику углем, который так был нужен для работы железнодорожного транспорта.
Донецкая армия, численностью около 8,5 тысячи человек, была создана из донецких рабочих для защиты Донбасса от наступающих германских войск. Первоначально это были воинские формирования Центроштаба Донбасса, которые для усиления обороны района свели в армию «во главе с выборным командующим 8-й армии бывшего Румынского фронта А. И. Геккером». Донецкой армии передавалось вооружение и военное имущество, вывезенное с фронта.
В приказе Геккера от 30 марта указывалось, что опасность вторжения германских оккупантов в Донбасс ставит перед Советами и революционными штабами задачу немедленно «приступить к сооружению опорных пунктов, блокгаузов, укрепляя оборону отдельных мостов, частей, опушек леса, перерывая проезжие для бронированных автомобилей дороги, разрушая плотины, затопляя броды и т. д. Необходимо привлечь специалистов инженерных полков: саперов, понтонеров, подрывников».
В ожесточенных боях рабочая Донецкая армия прикрывала Северо-Донецкую железную дорогу. В апреле она держала оборону на линии поселок Боровой – река Оскол – река Северский Донец – Яремович. В конце месяца ее отряды влились в состав советской 5-й армии, которой командовал К. Е. Ворошилов.
В начале апреля бывший офицер, теперь военспец А. И. Геккер становится начальником штаба Верховного главнокомандующего советскими Вооруженными Силами Союза Южных республик В. А. Антонова-Овсеенко.
Тем временем Страна Советов оказалась во вражеском кольце. Ситуация в начавшейся Гражданской войне накалялась и быстро менялась. Начался мятеж Чешско-Словацкого корпуса. На Русском Севере, в Мурманске и Архангельске высадились экспедиционные войска союзников старой России по Антанте. Они взяли Шенкурск и начали наступление на Котлас, стремясь в перспективе соединиться с войсками адмирала А. В. Колчака, Верховного правителя России.