Красногвардейские отряды Севера предстояло свести воедино, чтобы дать отпор интервентам и белым. Для этого там требовались опытные, надежные командные кадры. Большевик Геккер получает новое назначение, ставшее для него партийным поручением: 26 мая он назначается военно-политическим комиссаром Беломорского военного округа.
В июле Геккер участвует в подавлении левоэсеровского мятежа в Ярославле. Это было разоружение (со столкновениями) боевых дружин левых эсеров, проходивших тогда в ряде городов России. Во главе мятежников стоял полковник А. П. Перхуров, начальник штаба подпольного антисоветского «Союза защиты родины и свободы». Местные военные власти и ВЧК не смогли пресечь выступление заговорщиков, и Ярославль 16 дней находился в их руках.
Белые мемуаристы Л. Бек и Б. Годлевский рассказывают о том, как началось Ярославское восстание: «…За полчаса до рассвета с 5-го на 6-е июля 105 невооруженных офицеров и юнкеров, во главе с полковником Перхуровым, атаковали склады (вернее – склад) оружия на окраине Ярославля (в нем хранилось оружие, свезенное с фронта и приводимое там в порядок).
Обезоружив караул, охранявший склады, и вооружившись винтовками и револьверами, офицеры разделились на “роты” по 11 человек в каждой. Всех участников этой смелой операции полковник Перхуров здесь же наградил Георгиевскими ленточками. Малочисленные роты сразу заняли почту, городской телеграф и другие советские учреждения в центре города. Забыли тоько занять банк, оставив большевикам пятьдесят шесть миллионов рублей.
Через несколько минут после взятия артиллерийского склада 30 кадет Ярославского корпуса въехали на автопулеметных машинах в город. К полудню, приказом полковника Перхурова, было мобилизовано около 1500 (?) офицеров из различных учреждений штаба Северного фронта. К ним присоединились 600 железнодорожников и около четырехсот матросов Волжской флотилии, защищавших заволжское пространство.
В ту ночь в губернаторомском доме проходил съезд полковых комиссаров – около 120 человек. Восставшим легко удалось арестовать комиссаров, посадить на баржу и, отведя ее от берега, поставить на якорь. Арестованных стерег только один часовой. Восставших вначале было мало, и каждый боец был на счету».
Точное количество «мятежников» Ярославля не известно. Известно то, что по приказу полковника Перхурова было роздано до 7 тысяч винтовок. Артиллерия состояла из двух трехдюймовых орудий, у которых быстро вышли снаряды. Кавалерия состояла из одиннадцати человек: «К этой коннице присоединились все кавказцы, проживавшие тогда в Ярославле».
Ярославский мятеж был подавлен сводным воинским отрядом А. И. Геккера, прибывшего из Беломорского военного округа. Большую помощь ему оказали красногвардейские отряды московских рабочих (2-й Московский советский полк), Путиловская артиллерийская батарея, части интернационалистов – китайцев, латышей (два латышских стрелковых полка), мадьяр, поляков, бывших немецких и австрийских военнопленных, два бронепоезда (один был вооружен морскими дальнобойными орудиями крупного калибра).
Полковнику Перхурову с частью мятежников удалось бежать из города. Позднее он служил в колчаковской армии, эмигрировать из России не стал. В 1922 году был опознан и расстрелян, будучи привезен из Москвы в Ярославль.
Ярославский мятеж в советское время описывался только с «одной стороны», и все жестокости сваливались на белых из «Союза защиты Родины и свободы». Потери сторон за 16 дней боев не известны даже приблизительно. Но известно другое: С. П. Мельгунов в своей книге «Красный террор в России» указывает, что всего это время было расстреляно 5004 человека. Первыми были расстреляны около 500 участников восстания, которые сдались в плен.
В ходе боев за город, его артиллерийского обстрела и возникших пожаров «побежденный Ярославль представлял жуткое зрелище. На протяжении целых кварталов вместо домов на грудах развалин возвышались лишь почерневшие трубы. Из 7618 жилых строений от советских снарядов сгорело до основания 2147 и почти столько же имели повреждения от взрывов… Совершенно без крова осталось около 30 тысяч жителей».
В августе военспец Геккер, в чей послужной список красной строкой вошло подавление Ярославского мятежа, назначается командующим Вологодским тыловым районом. Затем он принимает должность командующего войсками Котласского района и Северной Двины Северо-Восточного участка завесы. На Русском Севере шли бои с белыми войсками генерала Миллера и интервентами из стран Антанты. Далеко от Архангельска продвинуться им не удалось, хотя основные удары наносились в направлении на Вологду и Котлас. Бои шли по линии железной дороги и вдоль берегов реки Северная Двина и ее притоков.
Войска Котласского района обороны (вместе с Архангельским и Вологодским) имели задачу «не допустить соединения и связи между противниками, действующими в областях рек Онеги, Северной Двины и Мезени, с противником, действовавшим в пределах Восточного фронта…»