Летом 1918 года Анатолий Геккер сблизился и подружился с командиром Нижне-Двинской бригады И. П. Уборевичем, ставшим впоследствии крупным советским военачальником. В начале сталинских репрессий их обоих ожидала печальная судьба.
В декабре 1918 года А. И. Геккер покидает Север, будучи послан на новый фронт Гражданской войны, на Нижнюю Волгу. Он получает должность начальника Астраханского укрепленного района. Там в его оперативном подчинении кроме армейских войск находилась Астрахано-Каспийская военная флотилия, которая на 30 декабря имела в своем составе 6 эскадренных миноносцев, 3 миноносца, 17 вооруженных пароходов, 4 подводных лодок, 8 катеров-истребителей, 4 минных катеров, 2 плавучих батарей, 2 гидроавиаотрядов и истребительного авиационного отряда. Часть этих кораблей пришла с Балтики. Личный состав флотилии численно доходил до 3,5 тысячи человек.
Главной базой флотилии являлся город Астрахань. Ее отряды поддерживали сухопутные войска, оборонявшие Царицын, и защищали дельту Волги со стороны Каспия. Роль моряков в обороне Астрахани была огромна.
Астрахани грозило «отсечение» от территории Советской Республики в случае взятия белыми Царицына. Городу угрожали с обеих берегов Волги отряды Астраханского казачьего войска, белокалмыки. Но Астрахань выстояла на протяжении всей Гражданской войны. Заслуга в этом была и А. И. Геккера, проявившего себя в новой должности умелым организатором.
В феврале 1919 года Геккер назначается начальником 13-й стрелковой дивизии, которая была сформирована на территории Воронежской губернии. Она входила в состав советской 8-й армии. В начале 1918 года дивизия вела бои за овладение городами Россошь, Бахмут и Донецк.
О том, как воевал Геккер в должности начальника стрелковой дивизии, описано в труде «Гражданская война в СССР» (том 2):
«…С рассветом 27 марта 1-й Донской армейский корпус нанес мощный удар 15–25 км юго-восточнее Луганска по заслону и развертываемым соединениям (советской) 8-й армии. Передовые части 41-й стрелковой и 1-й Московской рабочей дивизии не выдержали удара врага и начали отходить по пересекающимся маршрутам. Это привело к перемешиванию боевых порядков соединений. Обстановка на левом фланге армии стала критической. Командование армии стало вводить в сражение свежие силы – правофланговые соединения, предназначенные для действий на главном направлении против группировки генерала Май-Маевского. Это и спасло положение.
13-я стрелковая дивизия А. И. Геккера (военкомы Н. Н. Баранов, С. М. Жигур), осуществляя частью сил поворот на 90 градусов в восточном направлении и заняв выгодный рубеж на левом фланге 1-го Донского корпуса, нанесла по нему короткий, но сильный удар. В то же время Инзенская стрелковая дивизия, выйдя на пути отхода левофланговых соединений 8-й армии, закрепилась на дальних подступах к Луганску…
Противник был остановлен на восточной и южной окраинах Луганска… Началась героическая оборона Луганска».
Военспец Александр Ильич Геккер с дореволюционным партийным стажем пользовался большим доверием у Реввоенсовета Республики. Он демонстрировал умелое ведение боевых действий, отличался профессиональным отношением к военному делу. Имел отличные рекомендации с предыдущих должностей и опыт борьбы за Донбасс.
Поэтому его назначение 16 апреля 1919 года командующим в будущем прославленной 13-й армией выглядело для исследователей истории Гражданской войны вполне закономерно. Тем более, что двумя армиями он, пусть малое время, уже командовал в столь недалекое время. То есть это было вполне заслуженное повышение.
Геккер принял должность у первого командующего 13-й армией И. С. Кожевникова, пробывшего на этом посту немногим более месяца. Поэтому сколачивание армейского организма стало личной заслугой Александра Ильича Геккера, а не кого-либо другого военачальника.
Армия была сформирована приказом Реввоенсовета Южного фронта из группы войск Донецкого направления. Начальниками штаба при Геккере были известные военспецы А. А. Душкевич, затем А. М. Зайончковский, будущий известный советский военный историк. Среди членов Реввоенсовета армии значились такие известные партийные работники, как И. В. Косиор, Г. Л. Пятаков и А. П. Розенгольц.
Армия постоянного состава не имела: за годы Гражданской войны в ее рядах временно перебывало более двух десятков стрелковых, кавалерийских, именных дивизий. С января 1920 года армия из состава войск Южного фронта вошла в состав сил Юго-Западного франта.
Весной 1919 года 13-я армия участвовала в тяжелых для войск Южного фронта боях. Стороны стремились вырвать друг у друга инициативу в боевых действиях. В мае и июне армия Геккера, ведя упорные бои с наступавшими войсками Деникина, отступила на север. Ей пришлось оставить город Курск. Деникинская «Московская директива», как тогда казалось, имела под собой реальную почву.