Войска Добровольческой армии после понесенных на земле Донбасса поражений стали отступать по всему фронту перед 13-й и 8-й армиями. Шедшая впереди 42-я стрелковая дивизия заняла Константиновку и в ночь на 31 декабря – Ясиноватую. К первому дню нового 1920 года освобождение Донбасса было завершено.
В ходе Донбасской наступательной операции советскими войсками было взято в плен до 5 тысяч солдат и офицеров противника, захвачено 170 пулеметов, 44 орудия и 5 бронепоездов. Наиболее отличившиеся в боях 1-й кавалерийский полк и 371-й стрелковый полк 42-й стрелковой дивизии армии Геккера удостоились Почетных революционных Красных знамен.
После потери Донбасса белая Добровольческая армия оказалась окончательно разорванной на две части. Одна из них отходила на Кубань, другая – в Крым. Их преследовали.
Освобождение Донецкого каменноугольного бассейна и взятие города Мариуполя стали последними большими делами в послужном списке командарма 13-й Анатолия Ильича Геккера.
Во всех операциях, в которых участвовала 13-я армия, ее командующий умело управлял войсками, часто бывал в штабах дивизий и на передовой. Его постоянно видели среди красноармейцев и командиров, в окопах и наступающих порядках. Анатолий Ильич, фронтовик со стажем Мировой войны, считал личное общение с подчиненными своим служебным и партийным долгом. Он всегда стремился оценивать обстановку не на штабной карте, а на местности для того, чтобы принимать верные решения. В одном из боев командарм получил ранение осколком снаряда в ногу и контузию.
Наступила весна 1920 года. Армии Деникина подверглись разгрому, и часть их войск укрылась в Крыму. 13-я армия перебрасывалась на фронт Гражданской войны, действовавший против Врангеля. Она уходила на запад с новым командующим: в марте А. И. Геккер получил новое назначение начальником штаба Войск внутренней охраны республики (ВОХР), которыми сперва командовал К. М. Валобуев, затем В. С. Корнев.
Эти войска были созданы на основании постановления Совета рабочей и крестьянской обороны от 25 мая 1919 года. В их состав вошли корпус войск ВЧК, продовольственная армия, железнодорожная охрана Наркомата путей сообщения, войска судоохраны, охраны сахарного производства и другие ведомственные военизированные формирования. Штаб войск ВОХР первоначально назывался штабом ВЧК. Он осуществлял управления войсками через штабы секторов, созданных на территории военных округов. Первоначальная численность войск ВОХР определялась в 120 тысяч человек. Кардинальные вопросы их организации и деятельности решал военный совет под председательством Ф. Э. Дзержинского.
В первой половине 1920 года штаб возглавил А. И. Геккер, функции Войск внутренней охраны республики значительны расширили. На них возложили борьбу с вооруженными контрреволюционными выступлениями (бандитизмом), охрану железных дорог, военных объектов, складов, изъятие излишков хлеба у крестьянства и ряд других задач. Войска ВОХР осуществляли, по сути дела, охрану фронтовых тылов.
Ко всему прочему войска ВОХР являлись подготовленным резервом Красной армии. На 1 января 1920 года их численность составляла 105 тысяч человек. В сентябре того же года войска ВОХР вошли в состав Войск внутренней службы.
Геккер сделал на посту начальника штаба Войск ВОХР очень многое. Он не только усовершенствовал их организационно-штатную структуру, повысил надежность охраны и обороны железных дорог и водных путей и уровень подготовки командного состава. В ходе Советско-польской войны 1920 года на Войска ВОХР легла задача по обеспечению безопасности и борьбы с бандитизмом в тылу Западного и Юго-Западного фронтов.
Только для поддержания порядка в тылу Юго-Западного фронта штаб во главе с А. И. Геккером оперативно подготовил и направил 22 стрелковых батальона, 5 кавалерийских эскадронов, 8 отдельных рот, артиллерийский взвод и легкую полубатарею.
В сентябре 1920 года Анатолий Ильич Геккер получает в командование для себя пятую по счету армию. Приказом Главнокомандующего Республики С. С. Каменева от 20-го числа № 53 он назначается командующим 11-й армией Кавказского фронта. Так Геккер оказался на родном для него Кавказе.
Эта армия была создана в августе 1919 года приказом Реввоенсовета Восточного фронта из войск Астраханской группы в составе Туркестанского фронта. С января 1920 года – в составе Кавказского фронта. Она участвовала в успешной обороне Астрахани, Северо-Кавказской операции, освобождала город Ставрополь. В апреле 11-я армия под командованием М. К. Левандовского провела Бакинскую операцию, восстановив советскую власть в Азербайджане.