Сам Богданов рассматривал Пролеткульт как «лабораторию», в которой рождаются новые формы новой культуры. «Как партия является лабораторией политической линии для стоящего у власти советского большинства коммунистов, чтобы реализовать политическую программу в государственном масштабе, так и культурно-просветительная организация пролетариата является лабораторией, чтобы осуществить революционно-культурную программу пролетариата в том же государственном масштабе, — и, разумеется, в мировом», — писал журнал «Пролетарская культура» в июле 1918 года.
В 1920 году число организаций Пролеткульта достигло четырехсот, но именно в это время он начал вызывать явное раздражение Ленина и других руководителей РСФСР (Троцкий, к примеру, вообще отрицал существование «пролетарской культуры» как таковой). Вероятно, это объясняется сразу несколькими обстоятельствами. Луначарский считал, что Ленин «не хотел создания рядом с партией конкурирующей рабочей организации». Вполне вероятно, что и так. Пролеткульт пользовался большой популярностью, в него шло много революционной молодежи, а его руководители декларировали свою «автономность» и «особую роль» в государстве.
По Богданову выходило, что если партия — политическая организация пролетариата, профсоюзы — экономическая, а Пролеткульт — культурно-творческая. Он говорил о трех самостоятельных формах классовой борьбы, что противоречило официальной точке зрения о том, что всей борьбой пролетариата и его союзников руководит партия.
Не нравилась Ленину и активность самого Богданова в Пролеткульте. Он подозревал, что вся организация находится под влиянием идей его старого соперника. Кстати, в 1920 году вышло второе издание «Материализма и эмпириокритицизма», после которого в газетах началась кампания против «богдановщины». Несомненно, Ленина раздражали и громкие, и слишком уж «революционные» заявления работников «пролетарской культуры».
Первый Всероссийский съезд Пролеткультов (3—12 октября 1920 года) принял резолюцию в духе указаний Ленина, в которой «самым решительным образом» отвергались «как теоретически неверные и практически вредные» попытки выдумывать свою особую культуру или устанавливать «автономию» Пролеткульта. «Творческая работа Пролеткульта, — говорилось в ней, — должна являться одной из составных частей работы Наркомпроса, как органа, осуществляющего пролетарскую диктатуру в области культуры». Центральный орган Пролеткульта входил в наркомат на положении отдела.
Первого декабря 1920 года в «Правде» появилось письмо ЦК РКП(б) «О Пролеткультах» с критикой руководителей Пролеткульта. В ноябре 1921 года было опубликовано постановление Политбюро ЦК о Пролеткульте. В нем говорилось, что «Пролеткульты должны стать одним из аппаратов партии по удовлетворению культурных запросов пролетариата». Следствием этого постановления стала полная смена руководства Пролеткульта. Богданов и Лебедев-Полянский вышли из организации, надеясь, что это может спасти ее. Однако этого не произошло. К тому времени и сам Пролеткульт начал раскалываться на отдельные группы, а в 1932 году был распущен окончательно. Хотя к тому времени от него уже мало что осталось, а пламенные призывы возвести «Дворец Свободы» где-нибудь на Марсе не только не поддерживались, но и осуждались. Настали уже совсем другие времена.
«Осенью 1921 г[ода] прекратилась и моя пролеткультовская работа, я посвятил себя всецело научной», — отмечал Богданов в автобиографии, написанной в 1925 году. В других своих записках он подчеркивал, что с этого момента «окончательно оставил политику», «стал полностью аполитичен» и т. д., что, конечно, не совсем так. Богданов всегда оставался политической фигурой, даже если он и не думал так.
«Научная работа» означала прежде всего его возвращение к проблемам крови. Это были уже не философские размышления, а практические эксперименты. Хотя, наверное, не стоит отделять одно от другого — сам Богданов вряд ли делал это.
Итак, он решил рискнуть и попробовать реализовать в «стране победившего пролетариата» идею, которую он описал в «Красной звезде» и «Инженере Мэнни», — обмен кровью между гражданами с целью лечения, оздоровления и создания общества подлинного «кровного братства». Перенести за Землю «марсианский» способ достижения всеобщего братства и торжествующей молодости, который он сам и придумал для своих утопий, — это, конечно, была смелая идея. Почти на грани разумного. Тем не менее он на это пошел.
Позже, в книге «Борьба за жизнеспособность», он так сформулировал цель этой работы: «Обмен крови должен приводить к глубокому очищению и освежению организма, к освобождению организма от специфических вредных для него внутренних ядов. Далее, передача иммунитетов против разных болезней… Но, может быть, главным приобретением окажется положительное увеличение суммы элементов развития».