В статье «Болезнь и смерть А. А. Богданова» подробно описаны методы лечения, которые применялись по отношению к нему. Главным образом они были направлены на борьбу с интоксикацией организма. Три раза применялось кровопускание, так как Богданов жаловался на тяжесть в голове и сильное возбуждение. Под кожу ему вводили глюкозу. Ему прописали специальную диету, которая применяется при тяжелых заболеваниях почек. Применялись слабительные средства и клизмы, а также теплые ванны. Однако эти методы успеха не принесли. 2 апреля его общее состояние начало резко ухудшаться. Временами Богданов впадал в беспамятство. Интоксикация организма все сильнее и сильнее давала о себе знать. 6 апреля, зафиксировал в истории болезни Кончаловский, «с больным произошел типичный экламптический припадок с прикусом языка и пеной, недержанием мочи и бредом». Пульс стал прерывистым, а иногда вообще «выпадал».
Вечером этого дня медицинский консилиум, в котором принимали участие такие «светила» медицины, как профессора Богомолец, Плетнев, Бурмин, Крамер, признал положение безнадежным и констатировал начало агонии. 7 апреля были обнаружены признаки еще большего ослабления деятельности сердца, «учащенное дыхание с паузами».
Врачи и родственники Богданова решили использовать последний шанс и применить средство, в которое так верил он сам. Ему сделали переливание крови. После него на некоторое время дыхание стало лучше. Однако вскоре состояние Богданова снова резко ухудшилось, и в тот же день, 7 апреля 1928 года, наступила смерть. С ней он боролся 15 дней.
Последние слова, которые произнес Богданов перед смертью, вроде бы сумели расслышать только его жена Наталья и сын Александр, которые находились рядом: «Делайте что должно… Нужно держать до конца…»
Похороны Богданова состоялись 10 апреля. На сохранившихся фотографиях видны сотни людей, пришедшие проводить его. Это могло бы показаться странным — ко времени своей смерти Богданов был далеко не самым известным человеком в стране, более того, за ним сохранялась репутация «полу-оппозиционера», человека не слишком благонадежного. Тем не менее оказалось, что его помнили и знали. Сын Богданова Александр Малиновский вспоминал, что многие подходили к его матери Наталье Богдановне Корсак, выражали ей свои соболезнования и плакали. Были, конечно, на похоронах и бывшие пациенты Института переливания крови.
Смерть Богданова не осталась незамеченной партийными и советскими газетами. «Труд» писал 11 апреля 1928 года: «Вчера хоронили А. А. Богданова. В 11 часов утра в здании Института переливания крови, в котором стоял гроб с телом покойного, состоялась гражданская панихида.
По окончании панихиды т. т. Семашко, Пашуканис, Фриче, Дауге, Лебедев-Полянский, Богомолец, Косолапов и Волгин[68]
выносят гроб с телом покойного. Траурная процессия растянулась на несколько кварталов.В крематории перед сожжением тела выступил тов. Луначарский, который в своей речи подчеркнул значение А. А. Богданова как крупнейшего революционера-борца. После краткого прощального слова проф. Богомольца выступил тов. Бухарин.
— В лице тов. Богданова, — сказал он, — с арены жизни сошел один из величайших людей — по широте своего разума, по энциклопедичности своих знаний, по неукротимости и силе своей воли и энергии. Эти его качества заставляют нас преклонить перед ним свои знамена.
По окончании речей, ровно в 14 час[ов], тело А. А. Богданова было предано сожжению».
Некрологи Богданову появились в «Правде», «Известиях», «Труде», «Вестнике Коммунистической академии». Их авторами были известные партийцы — Луначарский, Покровский, Лепешинский. В целом, советская печать отдала Богданову должное и довольно объективно оценила его заслуги в революции и науке. Интересен в этом отношении уже упоминавшийся некролог «Памяти А. А. Богданова», опубликованный в 4-м номере журнала «Под знаменем марксизма» за 1928 год.
Признав, что Богданов умер «геройской смертью мученика науки», ее автор задавался вопросом: «Как это случилось, что один из основателей большевизма, признанный его вождь совместно с В. И. Лениным в 1904–1907 гг., отошел от своей же партии и умер беспартийным? Мало того, его имя связывалось в нашей революции с рядом выступлений противобольшевистского характера».
Пересказав далее биографию Богданова и его основные разногласия с большевиками (арест в 1923 году почему-то не упоминался), автор приходил к выводу, что «отсутствие гибкости, отсутствие чутья действительности и окраска ее в цвет предвзятой идеи, вот что явилось причиной политического самоубийства Богданова». Однако в конце статьи все-таки выражалась уверенность, что русский пролетариат никогда не забудет его имя «как одного из основателей своей партии и как теоретика».