Лахор недолго служил убежищем для Хумаюна. Когда Шер-шах стал угрожать городу, Хумаюн стал думать о том, чтобы уйти в Кабул. Но афганская столица находилась под властью Камрана, и Хумаюну не оставалось ничего иного, как идти на юг, в Синдх, в надежде перегруппировать свою армию и отбить свое царство. Пока Камран и Аскари оставались в Афганистане, непоколебимо сплотившись против Хумаюна, Хиндал вместе с изгнанным императором собирал силы. В 1541 году Хумаюн женился на Хамиде (1527–1604), дочери наставника Хиндала. Год спустя, перейдя через пустыню Тар в разгар летнего зноя и добравшись до Умаркота в Синдхе, она родила мальчика, названного Акбаром, которому суждено было стать величайшим императором династии Великих Моголов. Оставив ребенка в Кандагаре, Хумаюн выступил на запад через Афганистан и наконец добрался до Герата, которым управлял шах Тахмасп – персидский правитель из династии Сефевидов. В июле 1544 года Хумаюн прибыл ко двору Тахмаспа в Казвин, который находится на территории современного Ирана. Шах предложил ему покровительство с условием, чтобы император и его спутники примкнули к шиитской ветви ислама. Кроме того, в цену покровительства входил алмаз «Кохинур».
В сентябре 1545 года, использовав войска и средства шаха Тахмаспа, Хумаюн возглавил могольско-персидскую армию, которая захватила у Аскари Кандагар. Через три месяца в Кабуле потерпел поражение Камран. За последующие восемь лет Камран четыре раза безуспешно пытался отбить город. Во время последней попытки его схватили и привели к Хумаюну, который приказал его ослепить. Говорят, Камран умолял тюремщиков убить его. Когда те отказались, то он стойко перенес выкалывание глаз. Затем Камрана по его просьбе отправили в паломничество в Мекку, где он и умер в 1557 году.
Пока Хумаюн отсутствовал, Шер-шах проявил себя способным правителем: при нем царство было надежным, богатым и хорошо управлялось. Он преобразовал армию, улучшил систему сбора доходов, привязал размер налогов к объему собранного урожая и обуздал коррупцию. Он благоустроил и продлил Великий колесный путь, доверив обеспечение его безопасности местным вождям. Вдоль дороги посадили деревья, на расстоянии дня пути построили гостевые дома (караван-сараи), которые обслуживали индуистов и мусульман. Также Шер-шах ввел в обращение стандартизированную серебряную монету под названием рупия, которая стала предшественницей современной валюты Индии и Пакистана. Но планы Шер-шаха основать афганские колонии в Раджастхане, Малве и Бунделкханде так и не осуществились. В 1545 году, когда он пытался взять раджпутскую крепость Калинджар, внезапно взорвались боеприпасы, и взрыв убил Шер-шаха на месте. Перед смертью он распорядился построить усыпальницу в Сасараме. На то время это была самая большая в Индии усыпальница мусульманского правителя.
Любимая народом Разия выезжала с открытым лицом, в шапке и плаще, «чтобы показаться на людях»
Вслед за смертью Шер-шаха пришел кризис наследования, пятеро правителей один за одним быстро сменили друг друга, и Хумаюн решился вернуть свои владения. В 1555 году его войска разбили армию сына Шер-шаха при Сирхинде, в Пенджабе. К середине года пал Дели. Спустя 14 лет империя Бабура была восстановлена.
У Хумаюна не осталось времени, чтобы закрепить результаты своей победы. В январе 1556 года, всего через шесть месяцев после взятия Дели, он стоял на крыше своей библиотеки в крепости Пурана-Кила, спрашивая у астрологов, в котором часу взойдет Венера. Услышав зов муэдзина, он поднялся, наступил на полу одежды и упал с крутой лестницы, ударившись головой. Он скончался через несколько дней, произнеся последние слова: «Я внимаю священному призыву».
Акбару (1542–1605), сыну Хумаюна, было всего 13 лет, когда умер отец. Попечителем и воспитателем Акбара был Байрам-хан (1501–1561), военачальник, напутствовавший Хумаюна в отвоевывании Индии. В точности совпавший во времени с королевой Англии Елизаветой I, Акбар вошел в историю как величайший правитель из династии Великих Моголов, а некоторые историки поднимают его статус до величайшего правителя Индии. В «Открытии Индии» Неру характеризует правление Акбара как «культурное слияние индусов и мусульман в Северной Индии» [21]
. Во время правления Акбара «могольская династия твердо закрепилась как подлинно индийская династия».