Одной из характерных черт царствования Акбара считается его стремление к религиозному плюрализму, что особенно примечательно на фоне нетерпимости, растущей в это время в других частях мира, например в Европе, где свирепствовала инквизиция. Когда Акбару исполнился 21 год, он отменил налоги на паломничество и джизью. Ко всем подданным Могольской империи независимо от их вероисповедания установилось равное отношение, по крайней мере в теории. Законы шариата потеряли силу. Верующим нищим пожаловали земли для устройства монастырей. Индусские храмы чинились и перестраивались. Вероотступничество больше не каралось смертью. Акбар и его придворные принимали участие в важных индуистских празднествах, таких как Дивали. Вдобавок Акбар перенял индуистский обычай оценивать себя в золоте, серебре, зерне и прочих товарах, а затем распространять этот эквивалент среди голи и нищеты.
Как и другие правители Делийского султаната, Акбар был приверженцем суфийского мистицизма. Преподнося себя как просвещенного суфийского мастера, он устраивал ежегодные паломничества, иногда пешком под палящим летним солнцем, к усыпальнице основателя суфийского ордена Чиштия, Муинуддина Чишти, на северо-запад, в Аджмер. Он стал учеником суфийского святого Салима Чишти, который предсказал рождение его первого сына, Салима, будущего императора Джахангира. Благодарность Акбара была столь велика, что Сикри – деревню, где жил святой, – он перестроил в новую столицу, назвав ее Фатехпур-Сикри, а в честь Салима Чишти он воздвиг одну из самых величественных в Индии гробниц. Фатехпур-Сикри был спроектирован по образцу одного из императорских передвижных поселений и послужил ареной для демонстрации того, как должно выглядеть императорское правление. Сегодня это прекрасно сохранившийся город-призрак.
Буланд Дарваза, «врата победы», построены в 1575 году, чтобы увековечить победу Акбара над Гуджаратом. Это главный вход в мечеть Джама-Масджид в Фатехпур-Сикри
Вдохновленный терпимостью суфиев к иным верованиям и их подходу к достижению единения с богом, Акбар пользовался своей резиденцией в Фатехпур-Сикри для систематического изучения сравнительной теологии и религии. Он построил «дом поклонения», где каждый четверг по вечерам проводились религиозные дебаты. Туда приглашались выступать представители всех религиозных сообществ и сект. Акбар был убежден, что не только ислам, а любая религия содержит элементы истины. Когда его двор посетила группа иезуитов, он, чтобы угодить им, вышел в португальских одеждах, поцеловал Библию и возложил ее себе на голову. Увидев, что Акбар так относится к христианству, иезуиты решили, что он обращенный христианин, но затем узнали, что подобным образом он поступает с индусами, джайнами, иудеями и зороастрийцами, но в должный час совершает мусульманские молитвы. Один из этих иезуитов, падре Антони де Монсеррат, сопровождал Акбара и его армию в Афганистан. Когда они шли через Хайберский проход, император остановил озлобленную толпу, намеревавшуюся забросать священника камнями до смерти, после того как тот неподобающе высказался о Пророке.
Трудно переоценить доступность, которую обеспечил Акбар всем, кто желал получить у него аудиенцию. Почти каждый день для всякого простого люда и для благородных людей он предоставлял возможность видеть его и говорить с ним. С тем, кто приходил говорить с ним, он старался быть дружелюбным, а не суровым, стремился показать, что беседа ему приятна.
Несмотря на то что Акбар не мог читать (имеются сведения, что он страдал дислексией), он собрал библиотеку из 24 тысяч книг. По его приказу был учрежден департамент, переводивший как индуистские эпосы вроде «Махабхараты» и «Рамаяны», так и написанные на латыни христианские Евангелия на персидский язык. С этих переводов делали копии и развозили их по библиотекам всех его владений. При дворе трудились астрономы, говорившие на санскрите.