Хотя Акбара принято выставлять образцом умеренности и терпимости, первые годы его правления были особенно кровавыми, даже по меркам Южной Азии. Всего через несколько месяцев после воцарения Акбара на Дели напал Хему – индус, торговавший селитрой, который выдвинулся из рядовых солдат и встал во главе армии Сури. Войско Акбара, намного превосходящее по численности военную машину Хему, встретилось с ней при Панипате. Поэт конца XVI века Падмасагара описывает молодого правителя как «летящего над армией Суров, словно звезда Канопус, падающая в океан. Поразительно, что воины врага лишались силы, едва услыхав слог его имени, а своему войску он обеспечил бессмертие, которое было подобно океану, наполненному вкусом победы». Страх помог ему, помогла и удача. Она сберегла армию Моголов, когда стрела попала в глаз Хему и его войско в панике бросилось бежать. Хему схватили и привели к Акбару. Байрам-хан позволил молодому правителю обезглавить пленника. Так Акбар стал гази, бойцом священной войны.
Любимая народом Разия выезжала с открытым лицом, в шапке и плаще, «чтобы показаться на людях»
Когда Акбар утвердился в своей независимости, его отношения с Байрамом испортились. В 1560 году он решил, что его защитнику пора сходить в паломничество в Мекку. Генерал Байрам был вынужден согласиться, но хадж так и не совершил. В январе 1561 года в Гуджарате, в городе Патане, его убил афганец, затаивший на него злобу. Через два года Акбар устранил еще одного претендента на трон, сводного брата Адхам-хана, сбросив его с дворцового балкона. Падение оказалось не смертельным, и тогда его изувеченное тело подняли на балкон и сбросили повторно, на этот раз насмерть.
В возрасте 19 лет Акбар правил империей, протянувшейся от Лахора на востоке до Джаунпура на западе, но в ней тлели очаги сопротивления. Устранением претендентов на могольское наследство Акбар занимался все время своего более чем полувекового правления. Его методы построения империи в корне отличались от образа действий предшественников, особенно в том, что касалось раджпутских царств. Вместо того чтобы завоевывать их в бою, Акбар привлек раджпутские кланы на службу Моголам, используя их как партнеров в управлении державой и в получении доходов с владений, позволив им при этом самостоятельно решать свои дела и управлять своими землями. Обращения в ислам от раджпутов тоже не требовалось.
Такая смена политического курса произошла почти случайно. В 1561 году Бхарамал (1548–1574), правитель клана Каччваха в Амбере, попросил Акбара помочь ему справиться с трудностями, свалившимися на его княжество. Взамен Бхарамал предложил свою дочь в качестве невесты. В мгновение ока неприметный клан превратился в одну из самых важных раджпутских правящих династий. Принцессы Амбера стали царицами Великих Моголов и матерями будущих императоров. Правители клана поступили на службу к Моголам как военачальники. Внук Бхарамала, Раджа Ман Сингх, повел могольскую армию против афганцев и сделался губернатором Бенгалии. Другие раджпутские кланы последовали примеру каччвахов – среди них были правители Джодхпура и Биканера.
Хотя поддержка Акбара возвысила положение каччвахов, самой важной оставалась раджпутская династия Сисодия из Мевара. Правитель этого клана, Удай Сингх (1540–1572), происходил от легендарного воителя по имени Рана Санга и открыто презирал раджпутские кланы, отдававшие своих дочерей в могольский гарем. Решив поставить Сисодиев на место, Акбар в 1567 году повел крупную армию на приступ Читтора, крепости Раны Санги. Подкрепленный силами двух крупных раджпутских кланов, лагерь Акбара раскинулся на целых 16 километров. Началась долгая, выматывающая осада.
Продовольствия в Читторе было запасено на несколько лет, источников воды тоже хватало. Но крепость не оказалась неприступной. Через четыре месяца удалось пробить стены, и считается, что именно Акбар сделал выстрел, смертельно ранивший командующего крепостью. Затем в нескольких местах внутри Читтора разгорелись пожары. Предпочтя смерть бесчестью, тысячи женщин совершили
Поражение сисодиев в значительной степени обезопасило основную часть могольской территории, позволив Акбару сосредоточиться на вопросах управления. Блестящий политик, он внедрил систематическую и централизованную форму правления, унифицировав администрацию по всей огромной империи. Одним из наиболее важных достижений Акбара стала реорганизация могольской армии, численность которой за время его правления выросла в шесть раз и включила солдат и офицеров разной этнической принадлежности и религиозных взглядов. Вместо наследного титула или звания офицер получал