Окружив Антиохию, султан принял меры предосторожности: он послал войска захватить Сен-Симеон, чтобы город не получил помощи с моря, другие его отряды заняли оборону у Сирийских ворот и блокировали Гастен, крепость тамплиеров, чтобы окруженные франки не получили помощи из Киликии и от ордена. Обороной Антиохии командовал коннетабль княжества Симон Мансель, представитель большой антиохийской семьи, князь Боэмунд VI находился в Триполи. Город был хорошо укреплен, но людей в гарнизоне было недостаточно. В самом начале осады при вылазке коннетабль Симон был взят в плен. По приказу султана он пытался склонить гарнизон к сдаче, но его люди его не послушались. Штурм, произведенный на следующий день, был отбит. Через два дня, 18 мая 1268 г., состоялся новый штурм по всему периметру стен крепости. Египтянам удалось пробить брешь с южной стороны, где стена проходила по горе Сильпиус, и они ворвались в город. Последовала ужасная резня, причем султан приказал закрыть все городские ворота, чтобы никто не мог убежать. Часть жителей скрылась в неприступной цитадели на вершине горы, но через несколько дней, не имея никакой надежды на освобождение, ее гарнизон сдался. На улицах города и в домах было убито 17 тысяч человек, 100 тысяч были уведены в рабство. Цифра, видимо, завышенная, но, во всяком случае, каждый египетский солдат получил по рабу и избыток рабов остался таким, что мальчика продавали за 12 дирхемов, а девочку за 5. На площади города султан приказал собрать и распределить добычу. Она была огромна. Золотые и серебряные изделия были сложены в высокие холмы, а золотых монет было так много, что их распределяли на глазок, не считая.
Антиохия была первым мусульманским городом Сирии, попавшим в руки христиан, и они продержались там в течение 170 лет. Падение Антиохии было грозным предвестником падения всех франкских государств Заморья. С тех пор как монголы пришли на берег Евфрата, города Алеппо и Антиохия потеряли свое торговое значение: торговые караваны из Индии и Дальнего Востока проходили теперь по Ираку, по монгольской территории и выходили к морю в Киликии, в Айясе. Поэтому султан не стал вновь заселять город. Огромный город превратился в маленькую пограничную крепость.
Будучи после падения Антиохии отрезанным от моря и от франков и имея недостаточный и не вполне надежный гарнизон, командор ордена тамплиеров, командовавший большой крепостью Гастен, принял решение покинуть ее. От княжества в руках Боэмунда остался лишь порт Латакия, полученный от монголов. Князь Боэмунд VI униженно просил султана о мире, и тот даровал ему перемирие, однако, к его обиде, называл его не князем, а графом. Султан лично побывал в Триполи под видом одного из своих посланников. Железные когорты бесстрашных тощих и нищих убийц во имя Бога выродились в своих потомках в жирных, ленивых и богатых собственников, развращенных удобствами и пороками окружающего мира, предпочитавших теперь геройской смерти на поле боя сдачу в плен или даже рабство. Трусость и склонность к измене некогда отважных франков вызывали презрение сурового воина, и Бейбарс отвечал ставшему королем Сицилии Карлу Анжуйскому, просившему оставить христиан в покое, что он не может помешать их гибели, они сами стремятся к ней и «их ничтожество разрушает то, что создало их величие».
После взятия Антиохии Бейбарс был обеспокоен слухами о готовящихся нападении монголов и большом крестовом походе франков. Поэтому, когда регент Гуго обратился к нему с просьбой о перемирии, султан его не отверг. Стараясь получить лучшие условия, Гуго организовал в Акре военный парад перед посланцем султана, эмиром Муин ад-Дином, приехавшим подписывать перемирие, однако тот презрительно заметил, что толпы пленных франков в Каире гораздо больше показанной ему франкской армии. Перемирие продолжалось около двух лет.
В декабре 1267 г. умер 14-летний король Кипра Гуго II. Имя его наследника не вызывало сомнений. Им стал, под именем Гуго III, его двоюродный брат, регент Гуго Антиохийский, который вел свое происхождение от графа Раймунда де Пуатье.
Со смертью Гуго II на Кипре закончилось правление династии Лузиньянов. Гуго III специально оставил себе фамилию матери Лузиньян, чтобы подчеркнуть непрерывность династии. Он был коронован на Рождество, оставшись при этом регентом королевства Иерусалим. Его соперник, двоюродный брат Гюг де Бриенн, оспаривавший в 1264 г. этот титул регента королевства, уехал в Грецию и женился на сестре герцога Ги II, наследнице герцогства Афин и Фив, где позднее, после рождения сына-наследника Готье и смерти шурина, стал регентом.