Тревога, однако, связана с мышлением высокого уровня, поэтому она обрабатывается развитой корой мозга, прежде чем тревожные мысли просочатся в миндалевидное тело [23]. Вот почему Чарли мучили непрекращающиеся симптомы реакции на стресс: раньше во время лечения внимание уделялось когнитивному уровню, точнее распутыванию тревожных мыслей, хотя в университете триггером служила обусловленная ассоциация. Другими словами, мозг Чарли незамедлительно реагировал на окружающую среду через запрограммированное на выживание миндалевидное тело, хотя его обучали техникам, связанным с когнитивными функциями высокого порядка, слишком медленным, чтобы применять их в моменте.
Таким образом, КТ бывают связаны как со стрессом, так и с тревогой, поскольку прошлый опыт может лежать в основе реакции на стресс в определенных ситуациях. При этом КТ влияют на восприятие и способны вызвать тревогу и зацикливание на определенных мыслях, что затем провоцирует реакцию на стресс и все ее физиологические симптомы.