Далее начались политические осложнения. В июне 1993 г. крымский Верховный Совет ввел должность «президента Республики Крым», а в феврале 1994 г. им был избран кандидат предвыборного блока «Россия», лидер Республиканского движения Крыма (РДК) Юрий Александрович Мешков. Мешков еще в конце 1991 г. требовал проведения референдума об отделении от Украины, а когда крымский Верховный Совет его не поддержал, стал проводить бессрочную голодовку на центральной площади Симферополя, и завершилась она тем, что его отвезли в больницу. Во время президентской избирательной кампании на него было совершено покушение – нанесен удар металлическим прутом по затылку.
Умеющий воздействовать на людей, на выборах Мешков заручился большой поддержкой избирателей (73 %). В качестве программы действий он объявил курс на сближение с Россией – вплоть до объединения, этапами которого должны были стать вхождение в рублевую зону, российское гражданство, переход на московское время, военно-политический союз с Россией. Мешков заявлял, что единение с Россией – последняя возможность «спастись всем гражданам республики Крым от окончательного краха того, что раньше называлось экономикой. Естественно, этого невозможно достичь, следуя курсом на отрыв от России, предложенным киевским правительством». Как первый шаг крымский президент определил проведение референдума по поводу отмены поправок, внесенных под киевским нажимом в Конституцию 1992 г.
Как кандидатуру на пост спикера парламента Мешков поддержал С. П. Цекова, своего партнера по избирательному блоку, который и стал таковым. Но в дальнейшем они часто конфликтовали, что затрудняло принятие важнейших решений. Однако главным препятствием, как и следовало ожидать, стало жесткое противодействие украинского руководства, которому было на кого опереться в крымских органах власти.
Не лучшим образом повели себя и тогдашние кремлевские правители, разве что на словах отстаивавшие иногда интересы России, российского народа и «соотечественников, оказавшихся за рубежом». Можно привести отрывок из воспоминаний занимавшего тогда пост президента Украины Л. Д. Кучмы: «Когда возникла сложная ситуация в Крыму, тамошний президент Мешков, его правительство (кстати, большинство в нем составляли «варяги») стали говорить чуть ли не об отделении полуострова от Украины, я позвонил Б. Н. Ельцину. Он абсолютно адекватно понял ситуацию и соответствующим образом отреагировал». Помнится, в российских СМИ зазвучали тогда вроде бы сделанные в добродушном тоне, но безапелляционные высказывания о наивном политическом радикализме крымского руководства.
17 марта 1995 г. был принят закон Украины «Об отмене Конституции и некоторых законов республики Крым». Помимо отмены Конституции был упразднен пост президента республики. В возникшей кризисной ситуации крымская политическая элита не пожелала идти на обострение, согласилась даже на то, что крымский Верховный Совет стал теперь называться Верховной радой Автономной республики Крым (АРК). От времени президентства Ю. А. Мешкова остался только переход на московское время.
По новой Конституции, принятой Верховной радой АРК в октябре 1998 г., и основанным на ней законам ключевые посты в исполнительной ветви крымской власти стали заниматься по назначениям из Киева – за Симферополем осталось только формальное одобрение. Были сохранены флаг, герб и гимн.
На ближайших украинских президентских выборах вновь победил Кучма. Во втором туре ему противостоял кандидат от коммунистической партии Петр Симоненко. В АРК за Кучму было подано 44 % голосов, в Севастополе 50,2 %. По мнению объективных аналитиков, такой высокий результат стал следствием «опасения коммунистического реванша и сговора с региональными элитами». И во время второго срока Кучмы, и в президентство скандально занявшего пост Ющенко (во втором туре его победил В. Ф. Янукович, но были беспрецедентный нажим Запада, майдан и третий тур) власть в Крыму была по сути своей назначаемой и управляемой Киевом. Привычно номенклатурная власть. Полтора года пост министра экономики АРК (в 2001–2003 гг.) занимал широко теперь известный А. П. Яценюк.
Запомнились массовые и непримиримые протесты крымчан против проведения в Крыму и прилегающих морских просторах учений НАТО «Си Бриз-2006» – несмотря на все уговоры властей, провести мероприятие они не позволили.
В феврале 2010 г. президентом Украины стал, наконец, Виктор Федорович Янукович, два года бывший премьер-министром в правление Кучмы (2002–2005) и полтора года при Ющенко (2006–2007). В 1997–2002 гг. он был главой Донецкой областной государственной администрации. Основную поддержку находил в восточных и южных регионах Украины, промышленно развитых и в большинстве своем русскоговорящих. Главной его политической силой была Партия регионов. Во втором туре выборов, в котором соперником его был опять Ющенко и в котором в целом по Украине перевес у Януковича был минимальный, в АРК он набрал более 78 % голосов, а в Севастополе более 84 %.