Турки торговали из Гезлева рабами, захваченными ими в бесконечных набегах на Южную и Восточную Европу, в виде исключения разрешив это делать и татарам. Порт Гезлева не раз был атакован морскими десантами запорожских казаков, массово освобождавших захваченных невольников.
С конца XVI века Гезлев около половины столетия был резиденцией крымских ханов и центром серебряной монетной чеканки ханства.
Гезлев превратился в большой и богатый город, успешно торговавший зерном и шерстью. Узкие и кривые городские улицы были застроены складами, постоялыми дворами, лавками и кофейнями, которые никогда не пустовали, и такая жизнь продолжалась более трехсот лет. В 1665 году запорожские казаки во главе с кошевым атаманом Иваном Сирко взяли Гезлев и освободили всех христианских невольников.
Французский путешественник Монтре, посетивший Гезлев-Козлов в 1711 году, писал: «Козлов – это довольно большой город, густо населенный турками, татарами, греками, евреями, окруженный старыми стенами, которые разрушаются во многих местах. Порт или, скорее, рейд малонадежный, суда находятся здесь во власти ветров, потому что он не прикрыт никакими возвышениями суши, кроме того, суда бросают якорь на приличном расстоянии от города, воды возле которого мелки и дно плохое».
В 1736 году Гезлев, известный в русских источниках как Козлов, был взят русской армией Миниха, адъютант которого Х. Манштейн писал о турецко-татарской крепости:
«Козлов окружен прочною, каменною стеною, снабженною большими башнями, ров очень широкий и высечен в скале. Гавань – хорошая и просторная, способная вместить до 200 судов. Это самый торговый город в Крыму, в нем до 2500 домов, большей частью каменных, и несколько красивых мечетей, есть и христианская церковь в предместье. Турки обыкновенно содержали в Козлове гарнизон в 3000 человек».
В 1771 году Козлов был взят армией Василия Долгорукова-Крымского. В городе была устроена таможня, в нем была штаб-квартира командующего русскими войсками в Крыму и на Кубани Александра Суворова. После присоединения Крыма к России в 1784 году Гезлев был переименован в Евпаторию, в память боспорского царя Митридата Евпатора.
С 1837 года Евпатория стала духовным и культурным центром караимов.
Город успешно развивался до середины XIX века. В начале сентября 1854 года у берегов Евпатории появилась огромная англо-французская эскадра, начавшая на полуострове Крымскую войну. На берег высадились более 50 тысяч французских и английских солдат. Евпатория стала штабом оккупационных войск, была сильно разграблена и разрушена. Только собранного со всего Крыма зерна было вывезено из Евпатории более полумиллиона пудов. Ее население сократилось вдвое, и город долгие годы, как и весь Крым, приходил в себя после войны.
Справочник 1867 года писал о Евпатории:
«Уездный и торговый город Евпатория имеет в настоящее время 6392 жителя, во всем Евпаторийском уезде 17 200 человек. Почти все товары из Одессы в Симферополь выгружаются в Евпатории, здесь же идет огромная погрузка соли, добываемой из соседних озер, отправляемой в Одессу и заграничные порты. Главные предметы вывоза из евпаторийского порта: зерно, шерсть, невыделанные кожи, смушки, сало, масло коровье, соль, ракушечник. Торговые обороты измеряются миллионами рублей».
Один из путешественников писал о Евпатории второй половины XIX века: «Лучшие здания Евпатории расположены вдоль морского берега, где находится и бульвар. Эта часть города имеет относительно благоустроенный вид: улицы вымощены, у них есть тротуары, которые по ночам освещаются. Есть дома европейской архитектуры и порядочные магазины. Но остальная часть Евпатории до сих пор сохраняет характер татарского города с узкими, кривыми и грязными улицами».
До конца XIX века в Евпатории были только грунтовые колодцы с соленой грунтовой водой, на одну артезианскую скважину приходилось до двухсот горожан, и люди выстаивали за водой ежедневно часами.