начальник: генерал-лейтенант милиции Алексей Васильевич Аничин (с 18.4.2006)
заместители: генерал-майор юстиции Юрий Федорович Алексеев (с 11.6.2008), генерал-майор юстиции Олег Владимирович Логунов (с 11.6.2008); Николай Иванович Шелепанов (с 21.2.2008)
Департамент обеспечения правопорядка на транспорте: генерал-лейтенант милиции Вячеслав Владимирович Захаренков (с 12.2.2005)
Административный департамент: генерал-лейтенант внутренней службы Валерий Алексеевич Майданов
Департамент государственной защиты имущества: генерал-лейтенант милиции Вадим Владимирович Савичев (с июня 2005)
Департамент кадрового обеспечения: генерал-лейтенант милиции Владимир Яковлевич Кикоть (с 15.2.2005)
Департамент обеспечения безопасности дорожного движения: генерал-полковник милиции Виктор Николаевич Кирьянов (с 2005)
Департамент обеспечения правопорядка на закрытых территориях и режимных объектах: генерал-лейтенант милиции Владимир Владимирович Шлемин (с 2005)
Департамент охраны общественного порядка: генерал-майор милиции Юрий Николаевич Демидов (и.о.; с апр. 2009)
Департамент по противодействию экстремизму (создан 1.11.2008): генерал-лейтенант милиции Юрий Александрович Коков (с 1.11.2008)
Департамент собственной безопасности: генерал-майор Юрий Владимирович Драгунцов (с марта 2006)
Департамент тыла: генерал-майор милиции Владимир Викторович Лукьянов (с 5.8.2008)
Департамент уголовного розыска: генерал-полковник милиции Искандер Галимзянович Галимов (с 2007)
Департамент экономической безопасности: генерал-лейтенант милиции Юрий Андреевич Шалаков (с февр. 2008)
Организационно-инспекторский департамент: генерал-майор милиции Владислав Александрович Волынский (с 1.10.2008)
Правовой департамент: генерал-лейтенант милиции Валерий Васильевич Черников (с февр. 2005)
Финансово-экономический департамент: генерал-лейтенант милиции Светлана Николаевна Перова (с июня 2001)
Главный информационно-аналитический центр: генерал-майор милиции Евгений Владимирович Мартынов (с 1.10.2008)
Экспертно-криминалистический центр: генерал-лейтенант милиции Владимир Васильевич Мартынов (с янв. 2004)
Центр оперативного руководства деятельностью специальных подразделений МВД РФ: генерал-лейтенант милиции Владимир Горшуков (с 11.7.2008)
Управление «К»
Центр «Олимпиада-2014»: генерал-майор милиции Юрий Николаевич Демидов (1.10.2008–4.2009)
Управление по обеспечению безопасности лиц, подлежащих государственной защите: полковник милиции Олег Витальевич Зимин (с 1.11.2008)
Национальное центральное бюро Интерпола при МВД РФ: генерал-майор милиции Тимур Анатольевич Лахонин (с 2003)
Российский национальный контактный пункт по взаимодействию с Европейской полицейской организацией: генерал-майор милиции Александр Васильевич Прокопчук (с 12.5.2006)