Директор: Константин Олегович Ромодановский (с 20.7.2005)
1-й заместитель директора: Михаил Леонидович Тюркин (с 16.7.2008)
Заместители директора: Анатолий Евгеньевич Кузнецов (с 17.10.2007), Николай Матвеевич Смородин (с 30.1.2008), Екатерина Юрьевна Егорова (с 16.7.2008), Сергей Петрович Калюжный (с 4.9.2008), Юрий Николаевич Буряк (с 28.1.2009)
Управление делами: полковник милиции Ирина Евгеньевна Иванова
Информационное управление (с 2009): Андрей Олегович Романков (с 2009)
Управление по вопросам кадров и государственной службы: Игорь Владимирович Агеев
Правовое управление: Петр Викторович Смагин (с 2008)
Управление иммиграционного контроля: генерал-майор милиции Александра Владимировна Земскова
Управление по вопросам гражданства: полковник Михаил Николаевич Утяцкий (с 3.4.2008)
Организационно-аналитическое управление: Елена Анатольевна Радочкина (с 2009)
Управление по делам переселенцев: Игорь Константинович Приймак
Управление организации визовой и регистрационной работы: Александр Анатольевич Аксёнов
Управление внешней трудовой миграции: Алексей Михайлович Ломкин (с 20.3.2009)
Управление паспортной работы и регистрационного учета населения: Юрий Васильевич Ивашкин
Управление тылового обеспечения: Андрей Михайлович Гурович
Управление международных и общественных связей: Светлана Викторовна Степанова (с 2008)
Управление по делам соотечественников: Виталий Александрович Яковлев (с 2009)
Инспекционно-контрольное управление (с 2008): Анатолий Петрович Фалеев (с 2008)
Финансово-хозяйственное управление: Владимир Анатольевич Лянной (с 2008)
Отдел организации мероприятий по мобилизационной подготовке (с 2008): Александр Васильевич Огурцов (с 2008)
Расчетно-кассовый центр:
Центр обращений граждан по паспортно-визовым вопросам: Елена Федоровна Дерунова (с 2008)
Центр материально-технического обеспечения: Валерий Николаевич Викулов (с 2009)
Центр материально-технического обеспечения: Валерий Николаевич Викулов (с 2009)
Информационный центр: Ирина Николаевна Шаповал (с 2009)
МИНИСТЕРСТВО РФ ПО ДЕЛАМ ГРАЖДАНСКОЙ ОБОРОНЫ, ЧРЕЗВЫЧАЙНЫМ СИТУАЦИЯМ И ЛИКВИДАЦИИ ПОСЛЕДСТВИЙ СТИХИЙНЫХ БЕДСТВИЙ