Генеральный секретариат (департамент): Сергей Борисович Киселев
Первый департамент стран СНГ (общие вопросы сотрудничества): Михаил Иванович Петраков (с 11.9.2008)
Второй департамент стран СНГ (Белоруссия, Молдавия, Украина): Виктор Александрович Сорокин
Третий департамент стран СНГ (Казахстан, Киргизия, Таджикистан, Туркменистан, Узбекистан): Максим Александрович Пешков
Четвертый департамент стран СНГ (Азербайджан, Армения, Грузия): Андрей Владимирович Келин
Первый Европейский департамент (Андорра, Бельгия, Ватикан, Италия, Испания, Люксембург, Мальта, Монако, Нидерланды, Португалия, Франция): Олег Николаевич Белоус
Второй Европейский департамент (Великобритания, Дания, Ирландия, Исландия, Латвия, Литва, Норвегия, Финляндия, Швеция, Эстония): Павел Маратович Кузнецов
Третий Европейский департамент (Австрия, Венгрия, Лихтенштейн, Польша, Словакия, ФРГ, Чехия, Швейцария): Сергей Юрьевич Нечаев
Четвертый Европейский департамент (Албания, Болгария, Босния и Герцеговина, Греция, Кипр, Македония, Румыния, Сербия, Словения, Турция, Хорватия, Черногория): Александр Николаевич Алексеев (с апр. 2008)
Департамент Северной Америки: Олег Николаевич Бурмистров (с 8.9.2009, и.о.)
Латиноамериканский департамент: Юрий Петрович Корчагин (с 1.9.2009)
Департамент Ближнего Востока и Северной Африки (Алжир, Бахрейн, Египет, Израиль, Иордания, Ирак, Йемен, Катар, Кувейт, Ливан, Ливия, Мавритания, Марокко, Объединенные Арабские Эмираты, Оман, Палестинская национальная автономия, Саудовская Аравия, Сирия, Судан, Тунис): Сергей Васильевич Вершинин
Департамент Африки: Александр Михайлович Макаренко
Первый департамент Азии (Китай, КНДР, Монголия, Республика Корея): Игорь Владимирович Моргулов (с 17.8.2009)
Второй департамент Азии (Афганистан, Бангладеш, Индия, Иран, Мальдивская Республика, Непал, Пакистан, Шри-Ланка): Замир Набиевич Кабулов (с 9.11.2009)
Департамент общеазиатских проблем: Бахтиер Маруфович Хакимов
Департамент стран Азиатско-Тихоокеанского региона (Австралия, Бруней, Вьетнам, Индонезия, Камбоджа, Лаос, Малайзия, Мьянма, Новая Зеландия, Океания, Сингапур, Таиланд, Филиппины, Япония): Михаил Юрьевич Галузин (с сент. 2008)
Департамент по связям с субъектами Федерации, парламентом и общественно-политическими организациями: Валерий Федорович Кеняйкин (с сент. 2008)
Департамент общеевропейского сотрудничества: Владимир Иванович Воронков (с сент. 2008)
Департамент международных организаций: Геннадий Михайлович Гатилов (с апр. 2008)
Департамент внешнеполитического планирования: Александр Михайлович Крамаренко
Департамент по вопросам безопасности и разоружения: Анатолий Иванович Антонов
Департамент по вопросам новых вызовов и угроз: Илья Игоревич Рогачев (с 12.8.2009)
Департамент по гуманитарному сотрудничеству и правам человека: Олег Сергеевич Мальгинов
Департамент информации и печати: Андрей Алексеевич Нестеренко (с 22.5.2008)
Департамент экономического сотрудничества: Александр Васильевич Горбань
Правовой департамент: Кирилл Горациевич Геворкян (с 16.12.2009)
Департамент кадров: Владимир Николаевич Морозов
Консульский департамент: Андрей Геннадьевич Карлов (с 29.1.2009)
Департамент государственного протокола: Борис Юрьевич Марчук
Департамент безопасности: Олег Николаевич Щербак (с 0.9.2008)
Департамент дипломатическо-курьерской связи: Сергей Николаевич Степанов (с янв. 2008)
Департемент лингвистического обеспечения: Борис Анатольевич Цепов (с 2008)
Историко-документальный департамент: Константин Константинович Провалов
Департамент по работе с соотечественниками за рубежом: Александр Васильевич Чепурин
Управление делами (департамент): Александр Петрович Голубков
Департамент специальной связи: Сергей Викторович Гармонин (с 15.12.2009)
Валютно-финансовый департамент: Вячеслав Анатольевич Логутов
Департамент капитального строительства и собственности за рубежом: Владимир Иванович Пашко
Главное производственно-коммерческое управление по обслуживанию дипломатического корпуса при МИД РФ: Виктор Петрович Лияскин (с 2009, и.о.)
Дипломатическая академия: Александр Николаевич Панов
Московский государственный институт международных отношений: Анатолий Васильевич Торкунов