Руководитель: Любовь Николаевна Глебова (с 28.3.2008)
Заместители руководителя: Феликс Имирсаланович Шамхалов (с 2007); Тамара Леонидовна Живулина (с 17.6.2008); Виктор Иванович Круглов (с 1.4.2009)
Управление надзора и контроля (с апр. 2009): Александр Алексеевич Королев (с апр. 2009)
Управление лицензирования и аккредитации (с апр. 2009): Валентин Николаевич Пугач (с апр. 2009)
Управление аттестации научных и научно-педагогических работников: Николай Иванович Аристер
Управление контроля и оценки качества образования: Валентин Николаевич Шаулин
Управление правового и методического обеспечения: Нина Григорьевна Ярошенко (с 2009)
Управление международной деятельности и общественных связей (с 2009):
Управление делами и координации проектной деятельности: Иван Александрович Муравьев (с 2009)Руководитель: Борис Петрович Симонов (с 20.3.2004)
Заместитель руководителя: Любовь Леонидовна Кирий (с 2009), Олег Игоревич Стрелков (с 2009)
Управление международного сотрудничества: Михаил Юрьевич Фалеев (с июня 2005)
Финансово-административное управление: Наталья Рудольфовна Агеенко (с 2004)
Управление по контролю и надзору в сфере правовой охраны объектов интеллектуальной собственности: Олег Викторович Добрынин (с 2009)
Управление по контролю в сфере правовой охраны и использования РНТД, полученных за счет средств федерального бюджета: Анатолий Иванович Королев (с 2009)
Федеральный институт промышленной собственности Федеральной службы по интеллектуальной собственности, патентам и товарным знакам: Александр Васильевич Барбашин (с сент. 2006)
Палата по патентным спорам: Сергей Леонидович Бульба (с 2006)