руководитель: Владимир Владимирович Кириллов (с 17.1.2008)
заместители руководителя: Владимир Владимирович Смолин (с 29.7.2005); Алексей Иванович Акулов (с 15.2.2008); Константин Васильевич Тоцкий (с 7.7.2009)
Организационно-аналитическое управление: Михаил Юрьевич Куржиямский
Управление геологического контроля и охраны недр: Ярослав Иванович Васильев
Правовое управление: Сергей Анатольевич Моргунов
Управление экономики, финансов и экологической экспертизы: Назип Ахатович Абдуллаев
Специальный отдел: Евгений Степанович Кощиенко
Управление экологического контроля: Людмила Владимировна Плющ
Управление морского контроля, разрешительной деятельности и особо охраняемых природных территорий: Василий Викторович Богословскийруководитель: Марина Валерьевна Селиверстова (с 21.7.2009)
заместители руководителя: Василий Николаевич Курьянов (с 9.4.2008); Сергей Михайлович Натальчук (с 19.8.2009)
Управление ресурсов вод и регулирования водохозяйственной деятельности: Анатолий Васильевич Шевчук
Управление экономики, финансов и бюджетного учета: Ольга Александровна Носова (с 2008)
Управление имущества, информатики и науки: Николай Иванович Жуйков
Управление делами, государственной службы и кадров: Светлана Сергеевна Бачерикова