руководитель: Анатолий Алексеевич Ледовских (с 24.3.2004)
заместители руководителя: Владимир Николаевич Бавлов (с июня 2004), Олег Степанович Монастырных, Петр Васильевич Садовник, Андрей Федорович Морозов (с 2007)
Управление делами: Александр Александрович Романченко
Управление геологических основ, науки и информатики: Александр Владимирович Липилин
Управление геологии нефти и газа, подземных вод и сооружений: Павел Александрович Хлебников
Управление геологии твердых полезных ископаемых: Борис Константинович Михайлов
Управление лицензирования: Вадим Алексеевич Согияйнен
Управление финансово-экономического обеспечения: Марина Анатольевна Айвазова
Управление гидрометеорологии и кадров: Владимир Михайлович Трухин
Управление мониторинга загрязнения окружающей среды, полярных и морских работ: Валерий Валентинович Челюканов
Управление геофизического мониторинга, активных воздействий и государственного надзора: Валерий Никифорович Стасенко
Управление научных программ, международного сотрудничества и информационных ресурсов: Виктор Георгиевич Блинов
Управление планирования, финансирования, учета и отчетности, федерального имущества: Искандэр Абдулхакович Якубов
Управление эксплутации зданий и техники специальной связи (с 2009): Надия Абдулхаковна Фахретдинова (с 2009)
Организационно-правовое управление: Валерий Юрьевич Верятин