Руководитель: Николай Иванович Булаев (с 5.10.2007)
Заместители руководителя: Евгений Яковлевич Бутко (с апр. 2005), Александр Викторович Рождественский (с 9.8.2004), Вадим Владимирович Лазутин (с авг. 2007)
Управление учреждений образования: Петр Федорович Анисимов
Управление научных исследований и инновационных программ: Валерий Иванович Кошкин
Управление международного образования и сотрудничества: Николай Михайлович Дмитриев
Управление программ в сфере образования и размещения государственного заказа: Борис Владимирович Коротков
Управление экономики и финансов:
Управление бухгалтерского учета и отчетности: Сергей Николаевич Кокодеев
Управление федерального имущества и капитального строительства: Сергей Николаевич Лобанов
Административно-правовое управление: Василий Павлович Царев
Отдел защиты государственной тайны: Светлана Павловна КрушнаяРуководитель: Сергей Николаевич Мазуренко (с 9.6.2004)
Заместители руководителя: Александр Викторович Клименко (с апр. 2004), Инна Петровна Биленкина (с 28.6.2004), Марат Аркадьевич Камболов (с 24.6.2005)
Управление развития поисковых исследований и новых технологий: Юрий Федорович Козлов
Управление программ и проектов: Геннадий Васильевич Шепелев
Управление инновационного развития и инфраструктуры: Александр Владимирович Суворинов
Управление финансирования, учета и отчетности: Александр Иванович Володин
Управление федерального имущества научной сферы: Виктор Михайлович Мушаков
Управление делами: Анатолий Иванович ИжнинМИНИСТЕРСТВО ПРИРОДНЫХ РЕСУРСОВ И ЭКОЛОГИИ РФ
Создано 12.5.2008 путем реорганизации Министерства природных ресурсов РФ.
Правовой департамент
Департамент государственной политики и регулирования в сфере охраны окружающей среды и экологической безопасности: Ринат Ринатович Гизатулин (с июля 2008)
Департамент государственной политики и регулирования в области геологии и недропользования
Департамент государственной политики и регулирования в области технологической и атомной безопасности: Игорь Шумаков (с марта 2009)
Департамент государственной политики и регулирования в области водных ресурсов и гидротехнических сооружений: Дмитрий Михайлович Кириллов (с июля 2008)
Правовой департамент
Департамент управления делами и кадров
Департамент экономики и финансов: Григорий Выгон (с 19.8.2008)
Департамент международного сотрудничества: