Однако сложившиеся ведомственные системы организации и руководства партизанским движением, как выяснилось к зиме 1941 г., не были способны обеспечить эффективное взаимодействие. В каждом ведомстве понимали ненормальность ситуации, когда вопросами партизанской борьбы занимаются множество параллельных и независимых друг от друга структур; все видели проистекающие из этого неудобства — однако и партийные органы, и НКВД, и военная разведка, и даже ГлавПУ не без основания считали, что именно их структуры должны продолжать заниматься партизанами. Взаимодействие осуществлялось на уровне личных контактов и потому обычно налаживалось между родственными организациями, что резко снижало эффективность партизанской борьбы.
Попытки военного руководства на уровне фронтов и армий наладить более эффективное взаимодействие между различными отвечавшими за партизанскую борьбу структурами, позволили несколько повысить эффективность руководства партизанским движением и боевую деятельность партизанских формирований, однако ведомственный вопрос не решили и решить не могли.
Только создание единого органа управления партизанским движением, в который вошли бы представители всех заинтересованных ведомств и который бы непосредственно (а не через структуры различных ведомств) руководил бы боевой деятельностью партизан, их организацией и снабжением, мог покончить с ведомственным хаосом.
Столкнувшись весной 1942 г. с кризисом ведомственных систем управления партизанским движением, руководство страны осознало необходимость создания централизованной системы управления, при помощи которой предполагалось вывести партизанское движение на новый по своей эффективности уровень, превратить действия партизан из тактического в оперативный фактор вооруженной борьбы. В наибольшей степени в этом было заинтересовано армейское руководство; в результате созданные фронтовые ШПД и армейские опергруппы имели двойное подчинение — Центральному штабу партизанского движения и, одновременно, соответствующим военным советам фронтов и армий. Создание централизованной системы управления партизанским движением повлекло выведение вопросов организации и ведения партизанской борьбы из 4-го Управления НКВД; ряд ведомственных структур по руководству партизанским движением продолжали функционировать отдельно от ЦШПД, что неизбежно влекло к возникновению межведомственных трений. Вскоре после создания централизованной системы управления партизанским движением начали проявляться внутриведомственные конфликты, связанные либо с личностной неприязнью (Пономаренко — Хрущев), либо с различными взглядами на принципы дальнейшей организации партизанского движение (Пономаренко — «группа Ворошилова»).
При создании централизованной системы управления партизанским движением летом 1942 г. руководство страны надеялось на достижение быстрых результатов, на масштабную дезорганизацию руководимого партизанскими формированиями тыла противника. Однако эта утвержденная ЦК ВКП(б) задача не была реализована по причинам несовершенства созданной централизованной системы управления, ее привязанности к интересам армейского руководства, неспособности осуществлять осмысленное планирование и последующее проведение масштабных операций, снабжение партизанских формирований. Начиная с августа 1942 г. началась реформа системы управления партизанским движением, направленная на:
— ликвидацию продолжавших функционировать ведомственных систем, дублировавших централизованную систему управления партизанским движением;
— реорганизацию самой централизованной системы управления, с учетом интересов партизанского движения в целом, а не отдельных фронтов или армий;
— военизацию партизанских отрядов, превращения их в крупные диверсионные соединения.
В течение сентября — ноября 1942 г. была проведена большая часть мероприятий, связанных с реорганизацией, однако завершены они не были. Это произошло в результате конфликта между Главнокомандующим партизанским движением К. Н. Ворошиловым и начальником ЦШПД П. К. Пономаренко, завершившимся безоговорочной победы последнего. После победы Пономаренко дальнейшее проведение намеченных «командой Ворошилова» реформ было прекращено; кроме того, была проведена новая реорганизация централизованной системы управления, в результате которой из центрального аппарата были удалены поддерживавшие Ворошилова сотрудники, было уменьшено значение ЦШПД и выросло значение региональных ШПД; одновременно возросло влияние партийных властей. В целом в результате предпринятой Пономаренко контрреформы эффективность деятельности централизованной системы управления понизилась, насколько можно судить — достаточно значительно. Централизация системы управления не была завершена, вместе с тем система приняла свой окончательный вид, закрепленный принятием соответствующих юридических документов, который в последующем лишь незначительно корректировался.