В 1591 году Новоспасский монастырь участвовал в отражении набега крымского хана Казы-Гирея.
Так как главная святыня Москвы – Успенский собор в Кремле был в руках поляков, у стен Новоспасского монастыря в 1612 году, на Крутицах, князья Пожарский и Трубецкой с верной дружиной целовали крест и клялись спасти Москву и Россию от польских интервентов. В Смутное время монастырь был опустошен. В 1640 году по указу Михаила Феодоровича деревянную крепостную стену начали заменять каменной, протяженностью в 650 метров, высотою до 7,5 метра и толщиною в два метра. Из далекого Белозерского монастыря в 1642 году были специально затребованы опытные мастера городового дела: «у Спаса на Новом месте каменщики и кирпичники ограду делали». Дворцовые каменщики были поселены слободой за Таганными воротами, они остались здесь жить и по окончании постройки монастыря. В конце XVII века к ним поселили еще каменщиков. Получились две слободы, ныне
Монастырь пострадал от пожаров в 1737 и 1747 годов, но вскоре был возобновлен. В 1764 году у монастыря отобраны все имения и крестьяне.
В 1812 году монастырь был разграблен и опустошен пожаром, но вскоре возобновлен. В самый день вступления неприятеля в 1812 году в Москву, вечером, первые появились поляки, для грабежа в беззащитном монастыре. Все монахи были высланы, оставался один старец и десять послушников. Солдаты и монахи насмерть стояли в монастыре, пока все не погибли. На другой день, 3 сентября, пришли французы и, выслав поляков, стали продолжать грабить в келиях и церквах. Богатые могилы по два-три раза разрывались алчными врагами, полагавшими найти в них драгоценности. От лесного ряда, загоревшегося при монастыре на северной стороне, и от горючих веществ, брошенных французами, монастырь был объят пламенем. Сперва занялась двускатная деревянная кровля на ограде, потом кровли на башнях и на монашеских келиях. Ночью загорелась колокольня, где упавший с ужасным треском колокол Петра Великого, в тысячу пудов, прошиб и обрушил своды Сергиевской церкви на втором ярусе и повис на развалинах. Вслед за ним рухнул с четвертого яруса Полиелей – другой колокол в 425 пудов – и разбил в мелкие части большой колокол, от чего потряслось все огромное задние колокольни. Разорвались железные связи, но стены ее и верх не повредились. После пожара настоятельские покои с Покровской церковью неприятелями были обращены в казармы, а Преображенский собор и Знаменская церковь – в конюшню. Сколько ни старались оккупанты ввести лошадей в Главную церковь по настланным подмостям, ничего из этого не вышло. Что пощадил огонь, того не пощадили враги. Ограбив в церквах все, что только можно было захватить, они, в надежде найти сокровища, разламывали каменные гробницы в усыпальнице под собором, престолы и жертвенники в алтаре. Грабилось все без пощады. Алмазы и крупные изумруды отскакивали под клещами грабителей с риз, венцов и икон. Случайно отыскав под кровлею собора серебряные ризы с образами, они разрубали их в монастырском саду палашами и делили между собой. 4 сентября по прибытии в монастырь французского генерала, занявшего настоятельские покои, в святых воротах (по правую и левую сторону арки колокольни) расположились гауптвахта с пушками. Монастырь был наполнен фургонами и разными экипажами, скотом и птицами. При отступлении французы хотели подорвать собор, были вырыты ямы для пороха, но того не успели сделать.
К 1820 году все здания, пострадавшие во время наполеоновского нашествия, были, в конце концов, отремонтированы. Из разбившегося при пожаре большого колокола Петра I отлили новый.
В XVII веке монастырь был царским «богомольем», куда совершались «выходы» царя с семейством. В том же веке монастырь был местом заключения, куда отсылались из Преображенского и Сыскного приказов для исправления престарелые преступники и мятежные стрельцы после бунта 1690 года.
Под сводами соборного храма находится усыпальница бояр Романовых, в ней гробниц было до 70, а осталось после 1812 года только 28. В ограде монастыря существовало богатое кладбище.
Монастырь был закрыт и обращен в концлагерь в 1918 году. Позднее здесь разместилась особая тюрьма, филиал Таганской. В церкви, помещавшейся в колокольне, хранился секретный архив НКВД. Кладбище было снесено.