Недостатками такой формы самоуправления являются также неимение: профессиональной армии, профессиональной администрации для управления землями, тайного письменного голосования. При решении многих вопросов большую роль играли эмоции отдельных ораторов. Если не удавалось криком навязать свою точку зрения, то в ход шли кулаки. В массовом кулачном бою правда меньшинства могла одержать верх, если у них были более сильные кулаки. При таком подходе к принятию решения представители церкви не имели права голоса, так как ни кричать, ни драться им не позволял сан.
Эти недостатки постарались учесть Московские князья.
При царе Иоанне IV Грозном образовался круг его советников, который составляли (помимо митрополита Макария), главным образом священник Сильвестр, Алексей Адашев (из среднего дворянства) и князь Андрей Курбский. В 1550 году молодой царь созвал собор представителей разных областей своего царства, на котором он обличал неправды и злоупотребления боярского правления на местах и обещал, что отныне он сам будет «судьею и обороною» для своего народа. В это время был намечен и частью осуществлен ряд серьезных мероприятий для улучшения государственного управления.
В 1550 году был издан новый Судебник (краткий свод законов). Его характерной чертой является стремление улучшить отправление правосудия и поставить его под контроль представителей местного населения. Судебник подтверждает старый обычай, чтобы в суде назначаемых царем наместников и волостелей присутствовали старосты и «судные мужи » или «лучшие мужи» из местного населения; теперь они стали называться «целовальниками» (то есть присяжными, поцеловавшими кресты и являвшиеся, таким образом, не случайными свидетелями судебного разбирательства, но его постоянными и официальными участниками). Судебник приказывал «без старосты и без целовальников суда не судити» и предписывал повсеместное распространение этого института: «а в которых волостех наперед сего старост и целовальников не было, и ныне в тех во всех волостех быти старостам и целовальникам». Судебные протоколы должны были писать, помимо наместничьих земские дьяки, а староста и целовальники должны подписывать эти протоколы. Наместники и их тиуны не имели права арестовать никого из местных людей, не предъявив («не явя») их старостам и целовальникам, которым они должны объяснить причины ареста.
В 50-х годах XVI века рядом «уставных» царских грамот, данных различным областям, правительство вовсе отменило управление наместников и волостелей. Местное управление и суд были переданы в руки избранных посадскими людьми и волостными крестьянами «излюбленных» судей, старост или «голов», которые бы были «добры и прямы и всем крестьянам любы», «от которых бы крестьянам продаж и убытков и обиды не было. И только те дела, которые им «кончать не мочно», присылали бы для доклада в Москву. А вместо наместничьих «кормов» и пошлин местные общества должны были платить непосредственно в царскую казну установленный «оброк». Этим самым укреплялась вертикаль власти.
Еще раньше в ведение общеземских учреждений в некоторых областях были введены избираемые местным населением «губные старосты» и «губные целовальники» для расследования и наказания уголовных преступлений и особенно для борьбы с разбойниками и разными «лихими людьми».
В 1551 году был созван собор для улучшения церковного порядка и благочиния. Царь представил собору длинный список недостатков и непорядков в современной церковной жизни, для устранения которых собор составил постановления, изложенные в 100 главах (отсюда название: «Стоглав»). Некоторые из этих постановлений были проведены в жизнь (так, были учреждены «поповские старосты» для надзора за духовенством).
Далее царь со своими сотрудниками занимался упорядочением важнейшей отрасли московского государственного управления, и военного дела. В 1550 году государь «приговорил с боярами раздать поместья в Московском уезде и в прилегающих к нему уездах «детям боярским, лучшим слугам, 1000 человек », которые образовали затем отряд служилых людей «по московскому списку». Они составляли как бы царскую гвардию и в то же время служили офицерскими кадрами для провинциальных дворянских ополчений.