В начале февраля 1942 г. «Аквитания», нагруженная женщинами, стариками и детьми, вместе с американским лайнером «Лурлайн», также привлеченным к эвакуации, вышла из Гонолулу и направилась в Сан- Франциско. Маршрут был выбран кружной, и плавание, которое в мирное время занимало неделю, превратилось в эпопею длиной почти в месяц. Океан был неспокоен, стоял сильный туман, в котором «Аквитания» один раз чуть не столкнулась с «Лурлайн». Катастрофы удалось избежать лишь благодаря острому зрению наблюдателей с «Аквитании». 1 марта конвой благополучно достиг Сан-Франциско.
Прибытие лайнера в Калифорнию было поистине Божьим даром для американской администрации: с недели на неделю ожидалось вторжение японцев на Гавайи, в то время как гарнизон островов был весьма малочисленным. Воспользовавшись случаем, правительство Рузвельта «одолжило» «Аквитанию» у англичан, и с 12 марта по 5 апреля лайнер совершил два рейса «туда-обратно», перевозя в Гонолулу каждый раз по 6000 американских солдат, а в Сан-Франциско — эвакуируемое гражданское население и интернированных американцев японского происхождения.
5 апреля «Аквитании» предписали перейти в Нью- Йорк, куда лайнер прибыл, пройдя в Атлантику Панамским каналом. Приняв в Нью-Йорке американских военнослужащих, судно перешло в Англию и выгрузило войска в Ливерпуле 12 мая. После этого на борт «Аквитании» зашли уже английские солдаты, которых лайнер-ветеран успешно доставил 8 июля в Суэц с промежуточными остановками на Мадагаскаре и в Адене. Затем последовал порожний переход в США через Мадагаскар и Кейптаун. 14 августа «Аквитания» в Бостоне приняла на борт американских солдат и летчиков, которых предстояло перебросить на Ближний Восток, и вновь направилась в Египет через Кейптаун и Аден. Разгрузившись в Суэце, 31 октября лайнер принял группу германо-итальянских военнопленных, которых хотели разместить в австралийских лагерях, и солдат АНЗАК, которые перебрасывались к себе на родину для того, чтобы усилить оборону своих доминионов на случай нападения японцев. В начале ноября лайнер прибыл в Сидней, завершив свой беспрецедентный кругосветный рейс.
Разгрузившись в Австралии, «Аквитания» 27 ноября пришла в новозеландскую столицу Веллингтон, где на берег сошли несколько американских инструкторов и новозеландцы, прибывшие из Суэца. Взамен на борт «Аквитании» поднялся авиационный персонал и летчики новозеландских ВВС, которых ждали в Египте. Лайнер двинулся в обратный путь с остановками в Австралии и Адене, прибыв в Суэц 5 января 1943 г.
Во время своих вояжей между Австралией и Египтом «Аквитания» иногда двигалась в составе конвоев вместе с другими лайнерами, иногда — в одиночку. И каждый раз ей удавалось избежать атак неприятеля, хотя смертельные случаи (от жары) в этих рейсах все же имели место.
В середине 1943 г. «Аквитанию» отозвали обратно в Англию для того, чтобы лайнер принял участие в трансатлантических войсковых перевозках: полным ходом шла подготовка к вторжению в континентальную Европу, и в Англии концентрировались американские силы. Лайнер начал работать в Атлантике вместе со своими коллегами по довоенным временам — «Куин Мэри», «Куин Элизабет», «Мавританией II», «Ниев Амстердамом» и «Иль де Франс». Эта шестерка лайнеров, прозванная за свои размеры и вместимость «монстрами», организовала трансокеанский конвейер, по которому в Англию из США регулярно поступали войска, боеприпасы, вооружение и техника. Вклад этих судов в успех высадки в Нормандии и, в конечном счете, в победу союзников в Европе, является абсолютно неоценимым.
После победы над Гитлером Адмиралтейство отрядило «Аквитанию» для перевозок войск на Тихом океане: там готовилась операция «Олимпик» (вторжение на Японские острова). Но этим планам не суждено было осуществиться: атомные бомбардировки Хиросимы и Нагасаки вынудили Страну Восходящего Солнца капитулировать.
По окончании войны старый лайнер еще год занимался репатриацией канадских военнослужащих, переправляя из Саутхемптона в Галифакс по шесть тысяч человек за рейс. На обратном пути «Аквитания» брала на борт британских детей, эвакуированных в Канаду в начале войны. За восемь лет военной службы во Второй мировой войне и после нее лайнер прошел более полумиллиона морских миль и перевез чуть менее 400 тыс. человек.