Лайнер совершил остановку на карибском острове Тринидад, где принял на борт 6000 т топлива и 4000 т пресной воды. 27 ноября «Куин Элизабет» прибыла в Кейптаун и простояла там до первых чисел декабря. Затем отправилась через Цейлон в пока еще британский Сингапур. В военных доках этой базы прибытие «Королевы» восприняли абсолютно без энтузиазма: еще слишком свежи были воспоминания о тех дебошах, которые учиняли в городе матросы с доковавшейся здесь несколькими месяцами ранее «Куин Мэри». Во избежание подобных эксцессов, экипажу лайнера во время докования было запрещено покидать судно.
В Сингапуре машины лайнера перебрали, подводную часть корпуса очистили, после чего окрасили ее черной краской, препятствующей обрастанию. Надводный борт и надстройку заново выкрасили в шаровый цвет, замазав потеки ржавчины. Судно оснастили одним 152-мм орудием и тремя 76-мм зенитками времен Первой мировой войны, оказавшимися на складах базы.
11 февраля 1941 г. судно отбыло в Австралию. На переходе до порта Фримантл «Королеву» сопровождал легкий крейсер «Дурбан». Во время стоянки в порту Фримантл лайнер забункеровали и доставили на борт продуктовый запас, после чего «Куин Элизабет» взяла курс на Сидней. Маршрут пролегал вдоль австралийского Барьерного рифа и далее вокруг южной оконечности Тасмании. Скорость на переходе держали не выше 25 узлов (Япония пока оставалась нейтральной страной, и австралийские воды были безопасны).
21 февраля лайнер миновал мыс Сидней Хед и на малом ходу проследовал к якорной стоянке у мыса Брэдли. Прибытие судна вызвало большой интерес и энтузиазм у местного населения. На стоянке «Королеву» сразу же окружила целая флотилия из судов портофлота и частных лодок.
Качество ремонта, произведенного на «Королеве» в Сингапуре, оказалось весьма низким. Чтобы исправить эту ошибку, а также произвести, наконец, конверсию судна в войсковой транспорт, пришлось прибегнуть к помощи «Кокату». В каютах разместили сотни и сотни деревянных солдатских коек и гамаков, в общественных помещениях развернули лазареты. Была сооружена даже небольшая, но прекрасно оборудованная операционная; имелся и рентгеновский кабинет. Обеденный салон первого класса превратили в столовую для рядового состава; ресторан туристского класса стал офицерской кают-компанией. На окнах ходовой рубки появились противоосколочные щиты, а в наиболее уязвимых местах судна из мешков с песком соорудили импровизированную защиту от осколков и пуль. Судно оборудовали дополнительными емкостями для пресной воды и увеличили объем рефрижераторов, которые в каждом рейсе должны были принимать огромный запас мороженых продуктов для питания перевозимых военнослужащих. Один из трюмов превратили в арсенал, где должно было храниться личное оружие солдат. И наконец, особенно не надеясь на шлюпки, на борту разместили большое количество раскладных спасательных плотов и более 2000 спасательных кругов.
Работая круглосуточно, рабочие фирмы «Кокату» в течение пяти недель произвели ремонт и конверсию лайнера в транспорт. 1 апреля «Куин Элизабет» перегнали в тасманийский порт Хобарт, чтобы освободить место у пирса «Кокату» для ожидавшейся со дня на день «Куин Мэри» (в Сиднейской гавани просто не хватало места для маневрирования двух трехсотметровых мастодонтов). В течение короткого перехода экипаж получил возможность проверить в море качество выполненных работ и устранить замеченные неполадки и недоделки.
Приняв на борт военнослужащих, «Куин Мэри» вышла на рейд порта Джервис Бэй, освободив место для своей сестры. «Куин Элизабет» в течение двух дней в Сиднее приняла на борт 5600 солдат и офицеров австралийской армии и ВВС и 11 апреля отправилась в свой первый рейс в качестве транспорта.
По пути следования никаких трудностей не возникло, и утром 26 апреля обе «Королевы» отдали якоря на рейде Тринкомали. «Куин Элизабет», в течение шести часов получив топливо, вместе с эскортом отправилась в дальнейший путь. Через сутки к конвою присоединилась и «Куин Мэри». Корабли повернули на восток и взяли курс на Африку через Аравийское море.