Позиции Берии ослабляла и развернувшаяся в последние годы жизни Иосифа Сталина в СССР волна антисемитизма и борьба за «русский приоритет» во всех областях знаний. Вождь рассматривал русский народ как самый восприимчивый к идеям социализма. Проживи Сталин подольше, мы вполне могли бы жить так, как живёт сегодня народ Северной Кореи, с голодухи не брезгающий и травой. У Берии же в аппарате МГБ и МВД оставалось немало соратников-евреев, вроде С. Р. Мильштейна или одного из организаторов убийства Троцкого Н. И. Эйтингона. Почти все они стали жертвами чистки органов «по пятому пункту». Самого же Берию молва обвиняла в еврейском происхождении и покровительстве национальным меньшинствам. А министр госбезопасности Грузии Н. М. Рухадзе, сменивший преданного Берии А. Н. Рапаву, послал в Москву донос, что Берия скрывает свое еврейское происхождение. Правда, к счастью для Лаврентия Павловича, Сталин не поверил этой фантазии. И, в отличие от своего друга Маленкова, Лаврентий Павлович никакого отношения к борьбе с космополитами не имел.
12 октября 1946 года министр госбезопасности Виктор Абакумов направил в ЦК записку «О националистических проявлениях некоторых работников ЕАК». Подобная акция не могла быть предпринята без предварительной санкции Сталина. Начались аресты евреев, от которых выбивали показания об антисоветской и националистической деятельности Еврейского антифашистского комитета. В конце 1947 года родственница первой жены Сталина К. А. Аллилуева показала, что ее знакомый историк И. И. Гольдштейн настроен антисоветски. От Гольдштейна получили показание на его знакомого З. Г. Гринберга, который в свою очередь, был знаком с Михоэлсом. Тот был арестован в конце 1948 года и после интенсивного допроса показал, будто Михоэлс в 1946 году говорил ему о намерении использовать для создания Еврейской республики брак дочери Сталина Светланы с евреем Григорием Морозовым. Из Гринберга выбили также показания, будто Михоэлс проявляет повышенный интерес к личной жизни вождя, что было расценено как умысел на теракт. Сталин распорядился немедленно уничтожить Михоэлса. 13 января 1948 года великий режиссер и актер глава ЕАК Соломон Михоэлс был убит в Минске сотрудниками МГБ. Убийство было инсценировано как несчастный случай – наезд грузовика, но тотчас распространились слухи, что Михоэлса убили. Чтобы перевести стрелки, МГБ само запустило слух, что режиссера убили «польские фашисты» (эта версия звучала и на процессе 1952 года). Михоэлса, из-за его популярности в стране и мире, решили убить тайно, без суда.
26 марта 1948 года Абакумов представил в ЦК и Совмин записку, где утверждал, что руководители ЕАК ведут антисоветскую и шпионскую работу в пользу американской разведки.
20 ноября 1948 года Политбюро приняло постановление о роспуске ЕАК. Был также закрыт Еврейский театр, другие еврейские культурные учреждения и органы печати. В конце 1948 – начале 1949 года были арестованы почти все фигуранты процесса 1952 года, а также ряд других евреев из числа деятелей науки, культуры и номенклатурных руководителей среднего звена. Следователям быстро удалось получить требуемые показания от секретаря ЕАК Фефера, на которых и строилось все обвинение. Но дело затянулось на три с лишним года. Дело, вероятно, было в том, что наверху никак не могли выработать сценарий будущего процесса. В июле 1951 года был арестован Абакумов, в связи с чем сменилась команда следователей. Ряд подследственных так и не признал своей вины. Открытый же процесс имел смысл только в том случае, если бы удалось убедить в виновности членов ЕАК хотя бы часть мировой общественности. Обвинения же были просто смехотворны. Пересылавшиеся за границу пропагандистские материалы, в том числе и предназначенные для знаменитой «Черной книги» о геноциде против евреев, выдавались за шпионские сведения, а частные разговоры о растущем проявлении антисемитизма в СССР и о возможности формирования еврейской дивизии для участия в Великой Отечественной войне, а затем – для борьбы с арабами в Палестине, – за антисоветскую деятельность. Процесс сделали закрытым. Еще до начала суда, 3 апреля 1952 года, новый глава МГБ Сергей Игнатьев представил Сталину проект приговора. Всех подсудимых предлагалось расстрелять, кроме академика Лины Штерн, крупного физиолога. Ее планировалось сослать на 10 лет. Сталин приговор утвердил, снизив срок ссылки Штерн до 5 лет.
На суде не признали своей вины Лозовский, Шимилиович, Брегман и Маркиш. Последний, впрочем, поддержал обвинения против других членов ЕАК в национализме и антисоветской деятельности, напомнив, что еще в 1944 году подал донос в парторганизацию Совинформбюро о националистической и контрреволюционной деятельности руководства ЕАК. Но это его не спасло, равно как и активно сотрудничавшего со следствием и судом Фефера. Он, как и Юзефович, заявил, что был секретным осведомителем органов госбезопасности, что, однако, не избавило несчастных от казни.