Действительная причина краха ленинградцев, как можно предположить, заключалась в их попытке выделить Российскую Федерацию в составе СССР в качестве такой же союзной республики, как Украина и Казахстан, Узбекистан и Белоруссия, передать российским органам, прежде всего партийным и правительственным, реальные властные полномочия. Все семь десятилетий своего существования СССР держался благодаря тому, что КПСС одновременно играла роль российской компартии, а компартии других союзных республик играли роль ее филиалов. Фактически Советское государство, федеративное по форме, благодаря единству компартии оставалось унитарным по содержанию. Секретари компартий союзных республик, которых могли в любой момент сместить по звонку из Москвы, не обладали подлинной самостоятельностью в принятии решений. А для Российской Федерации вообще все сколько-нибудь значимые решения принимались в союзном Политбюро. Сталин предвидел катастрофические последствия для Союза стремления России к самостоятельности. Жданов и его люди невольно такое стремление своими действиями поощряли. Иосиф Виссарионович же очень надеялся, что его наследники как минимум сохранят все то, что ему удалось приобрести – и новые границы СССР, и огромную сферу влияния в Европе и Азии. Ленинградская команда, как он понял, для этой цели не годилась. Ее необходимо было убрать.
Падение ждановской команды было на руку Берии, тем более, что его друг Маленков вновь оказался в фаворе у вождя. В знак особого расположения Сталин наградил Берию в 49-м сразу двумя орденами Ленина – в связи с 50-летием и за бомбу, за которую также удостоил Сталинской премии 1-й степени.
Маленков почти официально считался преемником вождя. Но вот беда, мастер аппаратных интриг, он не обладал ни волевыми качествами, ни харизмой. Воля была у Берии, кадрового чекиста и крепкого хозяйственника, но, к несчастью, он был грузин, а Сталину хотелось, чтобы его наследник был русским и мог опереться на самый многочисленный народ империи. Поэтому с конца 1949 года у Сталина появился ещё один фаворит – Никита Сергеевич Хрущёв, назначенный в декабре секретарём ЦК и первым секретарём Московского комитета партии. Он был русским, умел бойко, хотя и не всегда грамотно, говорить и завоёвывать любовь масс.
После XIX партсъезда Сталин назвал состав бюро Президиума ЦК в составе себя самого, а также Берии, Булганина, Маленкова и Хрущёва. Круг наследников Сталин определил довольно точно. После его смерти произошло лишь одно существенное изменение. Малоавторитетного и слишком близкого в то время к Хрущёву Булганина заменил Молотов, что, однако, не помешало Никите Сергеевичу обрести первенство и убрать из Президиума (Политбюро) всех остальных диадохов.
Сталин ценил Берию за роль в атомном и водородном проектах, но давал понять, что в любой момент может легко от него избавиться. В ноябре 1951 году был арестован ряд руководителей Грузии, ранее близких к Берии, которых обвинили в создании «мегрело-националистической группы». Комиссию ЦК, приехавшую в Грузию снимать с должности министра юстиции Грузии Авксентия Рапаву, секретаря ЦК Барамию и других членов группы, возглавлял Берия. Сталин устроил ему ещё одну проверку: как-то Лаврентий будет сажать своих ставленников. Тогда же арестовали племянника Лаврентия Павловича Теймураза Шавдию, который в начале войны попал в плен, записался в грузинский легион СС, а потом дезертировал оттуда и сражался в рядах французских партизан. Шавдие дали 25 лет за измену Родине, и дядя ничем не смог ему помочь.
Арестованный по тому же делу бериевский помощник и «спичрайтер» академик Академии наук Грузинской ССР П. А. Шария в конце 70-х вспоминал, что первым пунктом обвинения, инкриминировавшимся ему лично, было то, что «будучи свидетелем того, как Берия в разговоре по телефону с Маленковым критиковал Сталина, Шария не доложил об этом Политбюро». А по свидетельству Ф. Благовещенского, академик рассказывал ему, что в марте 53-го «Берия лично поехал на Лубянку освобождать мингрельцев; когда все собрались вместе, Берия, смеясь, напомнил Шарии, что посадил-то его тот, про кого Шария писал, что он величайший гений всех времен и народов». А в беседе со своим сокамерником по Владимирской тюрьме диссидентом Р. И. Пименовым Шария прямо утверждал, что «был арестован в 1952-м (вместе с Барамия и др. «мингрельцами») по личному телефонному звонку Сталина, мимо Берии».
Придя в МВД после смерти Сталина, Берия уже 10 апреля 1953 года реабилитировал фигурантов «мингрельского дела», что, однако, не спасло того же Рапаву от расстрела в 1955 году, уже как сообщника Берии.
Но Берию Сталин трогать не стал. Более того, в феврале 1952 года Лаврентий Павлович укрепил своё положение, когда близкие к нему В. С. Рясной и С. А. Гоглидзе стали заместителями министра госбезопасности партаппаратчика С. Д. Игнатьева.