Первым поводом для недовольства стареющего вождя послужила организованная в январе 1949 года в Ленинграде Всероссийская оптовая торговая ярмарка, на которых собирались распродать образовавшиеся излишки промышленных товаров. Она была организована по инициативе Родионова, Кузнецова и Вознесенского без санкции центральных партийных органов. Бюро Совмина разрешило проведение лишь межобластных оптовых ярмарок, а Родионов и ленинградские руководители сделали ярмарку Всероссийской и лишь после начала её работы известили об этом Маленкова. Политбюро осудило проведение ярмарки. Сталин решил, что пора ликвидировать «ленинградскую группу». В феврале 1949 года последовал новый сигнал: в ЦК поступила анонимка о фальсификациях при выборах Ленинградского обкома партии. На ленинградской партконференции руководители обкома П. С. Попков, Г. Ф. Бадаев, Я. Ф. Капустин и П. Г. Лазутин получили по несколько голосов «против», но было объявлено, что они прошли единогласно. 15 февраля 1949 года Политбюро приняло постановление об антипартийных действиях ленинградской парторганизации. Срочно прибывший в Ленинград Маленков снял всю местную партийную верхушку. На объединённом заседании бюро ленинградских горкома и обкома партии Георгий Максимилианович обвинил Попкова и его товарищей в антипартийной групповщине и противопоставлении Ленинградской парторганизации Центральному Комитету, а также в попытке создать Компартию России и тем самым расколоть КПСС. В январе 1949 года Кузнецов, а в марте Родионов и Вознесенский лишились своих постов. Арестовали их лишь спустя несколько месяцев: Капустина в июле, а Кузнецова, Родионова и Попкова 13 августа – в кабинете Маленкова. Вознесенский же оставался на свободе до 27 октября. Его аресту предшествовало постановление Пленума ЦК от 12 сентября 1949 года об исключении Вознесенского из членов ЦК и необходимости привлечения его к судебной ответственности за утрату служебных документов в бытность его главой Госплана. Всего по «ленинградскому делу» было снято с работы более 1,5 тысячи представителей ленинградской номенклатуры, из которых несколько сот человек осудили, а несколько десятков – расстреляли.
Абакумов, тесно связанный с ленинградской группой, в ходе следствия пытался облегчить положение арестованных, в частности, не став навешивать на них обвинения в шпионаже, что само по себе гарантировало бы им расстрел. Виктор Семенович надеялся, что «ленинградцы» не будут давать показаний против него. После ареста ему инкриминировали попытки «смазать» шпионскую деятельность фигурантов «ленинградского дела», равно как и «террористические намерения» «врачей-вредителей».
Вознесенского и его товарищей расстреляли 1 октября 1950 года после короткого закрытого процесса. Обвинительное заключение, составленное на основании показаний, добытых людьми Абакумова, и отредактированное Сталиным, в частности, гласило: «Кузнецов, Попков, Вознесенский, Капустин, Лазутин, Родионов, Турко, Закржевская, Михеев признаны виновными в том, что, объединившись в 1938 году в антисоветскую группу, проводили подрывную деятельность в партии, направленную на отрыв Ленинградской партийной организации от ЦК ВКП(б) с целью превратить её в опору для борьбы с партией и её ЦК… Для этого пытались возбуждать недовольство среди коммунистов Ленинградской организации мероприятиями ЦК ВКП(б), распространяя клеветнические утверждения, высказывали изменнические замыслы… А также разбазаривали государственные средства (на организацию злосчастной Ленинградской ярмарки