Нападение на Польшу застало корабль в Вильгельмсгафене. Первой операцией корабля стал выход на минную постановку, одной из частей системы минных заграждений “Вествалл”. В операции принимали участие эсминцы “Карл Гельстер” и “Ганс Лоди”, яхта (минный заградитель) “Грилле” и миноносцы. Корабли вышли в море после объявления Англией и Францией войны Германии. Операция прошла без происшествий.
3 сентября в первые минуты войны с одного из британских аэродромов стартовал самолет-разведчик. Перед его пилотом была поставлена задача по разведке зоны Кильского канала. Пилот обнаружил немецкие корабли, стоящие на якоре. Доложить не удалось, так как передатчик замерз. Летчик рассказал об увиденном сразу же по возвращении на аэродром, и британское командование решило нанести удар. Утром 4 сентября произвели разведку объекта атаки. На этот раз пилоту удалось передать донесение.
Командование отдало приказание 107 и 110 эскадрильям Королевских военно-воздушных сил, имевших на вооружении “Бленхейм IV”. В воздух поднялись 10 машин (поровну из каждой эскадрильи). 107 эскадрилья атаковала броненосный корабль “Адмирал Шеер”. Метким огнем 4 самолета были сбиты, а на базу вернулся самолет не нашедший цель. 110 эскадрилье повезло больше. Они обнаружили “Эмден”. 4 самолета атаковали противника (один потерялся где-то по дороге). Атака оказалась неудачной, бомбы взорвались рядом с бортом. Беду на крейсер непроизвально навлек главный старшина Дизельски, наводчик 20-мм автомата. Ему удалось поразить левый мотор атакующего “Бленхейма”. Самолет в это время находился в 200 метрах от корабля, высота была небольшой, и он начал падать, врезавшись в правый борт “Эмдена” в 1 метре выше ватерлинии.
Пожар охватил зубоврачебный кабинет и старшинскую кают-компанию. Корпус “Эмдена” пострадал от гидравлического удара и осколков бомб. Борт, трубы, мостики были посечены осколками, были разбиты все прожекторы. В зоне поражения оказался торпедный аппарат – после боя в нем насчитали 8 пробоин, к счастью, боевые зарядные отделения торпед не взорвались. Потери экипажа составили 29 убитых и 30 раненых (другие данные: погибло 2 офицера и 9 матросов). К истории этого налета можно добавить, что сбитым “Бленхеймом” управлял английский летчик по фамилии Эмден.
И все же повреждения крейсера оказались не очень серьезными – ремонт занял неделю, и затем корабль перевели на Балтику в распоряжение старшего военно-морского начальника в Данциге. Ему отвели скромную роль – “Эмден” использовался для охоты на суда с контрабандой. С 2 декабря 1939 г. по 3 января 1940 г. на крейсере провели текущий ремонт, после чего для него наступил период бездействия. Но не надолго. В конце марта вступила в завершающую стадию разработка операции “Везерюбинг”, вторжение в Данию и Норвегию. “Эмден” включили в состав самой важной, 5-й группы, целью которой был захват норвежской столицы. Соединением командовал контр-адмирал Кумметц. В группу входил тяжелый крейсер “Блюхер”, броненосный корабль “Лютцов”, 3 миноносца, 2 вооруженных китобоя, 1-я флотилия катерных тральщиков (8 кораблей).
6 апреля на борт “Эмдена” поднялось 600 солдат. Переход в составе эскадры прошел без происшествий, а сам легкий крейсер был только свидетелем событий в Осло-фиорде. 5 группа задачу не выполнила и более того потеряла “Блюхер”. Поэтому 9 и 10 апреля крейсер провел в Дробин-фиорде. Норвежскую столицу захватил воздушный десант. “Эмден” прибыл на рейд Осло в полдень 10 апреля. На командира капитана 1 ранга Вернера Ланге была возложена организация дозорной службы на подступах к Осло. Только 24 апреля 1940 г. был назначен командующий гаванью Осло. Им стал капитан 1 ранга Фридрих Риве, последний командир крейсера “Карлсруэ”. “Эмден” оставался в Осло до июня и выполнял функцию корабля-связи. Затем было принято решение вновь использовать крейсер в качестве учебного корабля.