Летом 1940 г. экипаж “Эмдена” “понес большие потери”, многие офицеры и матросы были переведены на корабли, захваченные во Франции. 7 ноября 1940 г. “Эмден” становится к стенке завода “Дойче Верке” в Киле, с него выгружают боезапас, а экипаж перебирается на плавказарму “Монте Оливия”. До 15 февраля 1941 г. крейсер прошел текущий ремонт с докованием и возвращается к исполнению обязанностей учебного корабля. Летом 1941 г. он вновь находится в норвежских водах, хотя и не принимал участие в боевых действиях. В сентябре 1941 г., по мнению немецкого командования, следовало отражать прорыв Советского Балтийского флота в Швецию. В середине сентября был сформирован так называемый “Балтийский флот’' под командованием вице-адмирала Цилиакса. “Эмден” вместе с “Лейпцигом” и торпедными катерами входил в так называемую Южную группу, базирующуюся на Лиепаю. Это соединение просуществовало с 21 по 23 сентября, затем в несколько приемов было расформировано. Крейсера Южной группы и три миноносца выделили для поддержки немецкого наступления на Моонзудские острова.
26 и 27 сентября “Эмден” и “Лейпциг” обстреливали части Красной Армии на полуострове Сворбе. Первый день прошел без происшествий. Во второй день немецкое соединение атаковали советские торпедные катера, а позднее во время возвращения в Либаву подводная лодка “Щ-319” (капитан-лейтенант Н.С. Агашин). Обе атаки оказались безрезультатными. На этом завершалось участие “Эмдена” в войне против СССР. Он вернулся к исполнению обязанностей учебного корабля. В ноябре 1941 г. было сформировано учебное соединение флота. “Эмден” был в него включен и оставался в его составе, вплоть до своей гибели.
В июне 1942 г. крейсер прибывает на верфь-строитель.
На нем проводятся очередные ремонтные работы и замена орудий главного калибра, а в ноябре 1942 г. он возвращается в учебный отряд. Командование немецким флотом осенью 1942 г. приняло решение об отправке крейсера в воды Северной Норвегии.
Для знакомства с истинным состоянием дел на борт “Эмдена” прибыл главнокомандующий флотом гросс-адмирал Э. Редер – это был его последний визит на корабли в качестве главнокомандующего. После новогоднего боя от этих планов отказались, и над “Эмденом” нависла незавидная для боевого корабля “угроза” – в разгаре войны быть разобранным на металл. Но новый командующий Кригсмарине отстоял все крупные надводные корабли, “Эмден” продолжил свою службу в качестве учебного корабля. Изредка его привлекали к обеспечению боевой подготовки кораблей. В 1943 г. на крейсере провели работы по усилению зенитного вооружения.
До сентября 1944 г. корабль продолжал выполнять свои обязанности учебного корабля. В это время военная ситуация Германии резко ухудшилась. “Эмден” зачислили в корабли первой линии. Во второй половине сентября он принимал участие в серии минных постановок в проливе Скагерак. В операции, кроме “Эмдена”, принимали участие эсминцы и минный заградитель “Кайзер”. В ночь с 19 по 20 сентября он участник операции “Клавдий” (по другим данным, эта операция была проведена с 19 по 21 сентября), затем операции “Калигула” в ночь с 1 на 2 октября и в ночь с 5 на 6 октября операции “Веспасиан”.
Дальнейшая его служба в норвежских водах проходила спокойно – к выполнению боевых заданий он не привлекался. 9 декабря в Осло-фиорде крейсер сел на мель восточнее острова Флатегури. Снять его удается только на следующий день. 16 декабря гросс-адмирал Дениц приказал провести ремонт корабля на Кенигсбергом филиале верфи “Шихау”. С 23 по 26 декабря “Эмден” совершает переход к месту ремонта. Рождество корабль встречает в доке. Еще через месяц ремонт пришлось прервать. Вечером 21 января части Советской Армии были уже в 40 км от Кенигсберга. Работы свернули, и крейсер вывели из дока. 23 января на корабле получили приказ “Немедленно уходите”. На борт “Эмдена” срочно погрузили гробы президента Веймарской Германии генерал-фельдмаршала П. Гинденбурга и его супруги. Кроме мертвых, на борт приняли и живых беженцев.