В ночь с 12 на 13 декабря в море вышли “Кельн”, “Лейпциг” и “Нюрнберг”, ими командовал командующий Разведывательными силами контр-адмирал Г. Лютьенс. Утром 13 декабря британская подводная лодка “Сэлмон” торпедировала “Лейпциг” и “Нюренберг”. “Кельну” повезло – вражеские торпеды в него не попали. Он единственный не получивший повреждений пошел вперед, прошел через позицию еще одной вражеской подводной лодки “Урсула”, которая пыталась занять позицию для атаки, но не успела -“Кельн” благополучно добрался до базы.
До мая 1940 г. “Кельн” был флагманским кораблем Разведывательных сил. Корабль, стоя в базе, благополучно провел зиму 1939-1940 г. В первые дни апреля 1940 г., адмирала Лютьенса сменил контр-адмирал Г. Шмундт. Время для смены командующих было неудачным, завершалась подготовка к вторжению в Данию и Норвегию. “Кельн” становился флагманом 3 группы, предназначенной для захвата норвежского порта Берген. 9 апреля после боя с норвежскими береговыми батареями задание было выполнено. Правда большая часть кораблей этой группы была повреждена. Шмундт решил увести неповрежденные корабли в соседний фиорд, только поэтому “Кельн” не попал под авиационный налет, во время которого погиб “Кенигсберг”.
Вечером 9 апреля корабль, эскортируемый миноносцами “Леопард” и “Вольф”, совершил переход в Германию и 10 апреля прибыл в Вильгельмсгафен. Далее состоялся переход в Киль и двухнедельная стоянка, потом переход в Свинемюнде, 11 мая крейсер прибыл в Вильгельмсгафен, где поступил в распоряжение группы “Вест”. 14 мая на борт крейсера были приняты мины. Он вместе с минным заградителем “Грилле”, сопровождаемый эсминцами “Бейтцен”, “Шоеманн”, “Хейнеманн”, миноносцами “Кондор”, “Грейф”, должен ставить мины в районе Доггер-банки. Из-за плохой погоды операцию провели только 16 мая. 18-го соединение вернулось на базу, снова приняло мины на борт и выставило их в том же районе.
Вторую половину мая и первую половину июня “Кельн” был приписан к школе Корабельной артиллерии (Schiffes Artillerie Schule). С середины июня до середины августа он проходил ремонт на заводе “Германия” и “Дойче Верке”. 16 августа “Кельн”, без особых последствий для обоих, столкнулся с подводной лодкой “U-70”. Следующие три с половиной месяца прошли для крейсера в учебных походах и маневрах в Южной Балтике.
В один из первых дней декабря он прибыл в Киль и с минного тендера “Лаутинг” на борт крейсера были приняты мины. В выходе на минную постановку 4 декабря также с минами на борту был задействован и крейсер “Нюрнберг”. В охранении крейсеров находились миноносцы из 1-й и 2-й флотилии. Мины планировали выставить у входа в пролив Скагеракк, но из-за сильного ветра и шторма командование группы “Норд” операцию отменило. “Кельн” с минами пошел в Свинемюнде. В этом порту мины выгрузили, и моряки крейсера там же встретили новый 1941 год.
15 февраля на “Кельне” была получена директива командования военно-морского флота о превращении корабля в учебный. Аналогичную директиву получили на всех уцелевших немецких легких крейсерах. Основными их задачами стали:
1) Первоначальное обучение азам корабельной службы новобранцев строевых и технических специальностей.
2) Корабельная практика выпускников школ унтер-офицеров.
3) Корабельная практика курсантов военно-морских училищ.
4) Использование крейсеров в качестве кораблей мишеней и проведения различных экспериментов и испытаний.
Фактически на некоторое время легкие крейсера потеряли свое значение как боевые корабли. Большую часть их экипажей теперь составляли стажеры. Многие опытные моряки ушли на подводные лодки. Офицеры с трудом поддерживали боевую готовность зенитной артиллерии и аварийных партий. Статус учебных вскоре начал сказываться на техническом состоянии кораблей, промежутки между плановыми ремонтами и докованиями были увеличены.
“Кельн” выполнял обязанности учебного корабля до сентября 1941 г. В середине этого месяца командование Кригсмарине, ожидало прорыва советского Балтийского флота из Ленинграда в Швецию. Немецкие адмиралы решили не допустить этого и уничтожить Красный флот в “правильном” морском бою, для чего сформировали сильную эскадру, так называемый “Балтенфлотте”. 23 сентября из Свинемюнде выходит в море линкор “Тирпиц”, броненосный корабль “Адмирал Шеер”, легкие крейсера “Кельн” и “Нюрнберг”, 3 эсминца, 5 миноносцев. Это была северная группа.