Подчинившись этим требованиям, вотчинное землевладение вошло в строй Московского государства как его органический составной элемент. Первичные планы Ивана III были слишком круты и невыполнимы. Великокняжеская власть не могла без удержу сокрушать верхи вотчинновладельческой среды, боярской и духовной. Она сама в них слишком нуждалась по всему строю московской жизни. Нужны ей были не только ратники рядовые и тяглые плательщики. Необходимы ей были и начальные люди, с которыми можно бы было держать государство; нужны были и руководители «учительного сословия», церковные иерархи, тоже начальные люди, с которыми можно было бы держать церковь; игумен Иосиф был прав, настаивая, что и эти нужны, как социальная сила того же боярского уклада; обычные опоры власти великокняжеской должны были испытать приспособление к новому строю этой власти и ее потребностей, но не могли быть сразу отброшены, т. к. заменить их было нечем.
Однако спор о церковных вотчинах, несомненно, закончился поражением великого князя. Это поражение пробудило в духовной среде новые и рискованные для них представления, которые нашли себе весьма определенное выражение в тогдашней письменности.
К последнему году жизни и княжения Ивана III относится любопытное безымянное произведение – «Слово кратко противу тех, иже в вещи священные вступаются», – которое поднимает весь раздор на более высокую почву вопроса об отношении властей – церковной и светской. Обе эти власти, утверждает автор «Слова», происходят от власти божественной, но только мирская власть под духовною есть, «елико от Бога духовное достоинство пред-положено есть»; преимущества духовной власти ясны из того, что «паче подобает повиноваться Богу, нежели человеком», и поясняется знаменитой теорией о двух мечах, светском и духовном. Один меч вещественный – и это меч «достоит пастырям церковным имети защищение церкви своея, сице токмо мечом духовным ничтоже поспешествует»; а другой меч – духовный, который действует осуждением непослушных, как язычников и грешников, – властью отлучения и анафемы; им надо пастырю прежде всего обороняться, а если это не подействует, то обращаться к мечу вещественному, [за] «помощью плечей мирских». Вся эта – чисто католическая теория – встретила, как видно, сочувствие на Руси, в той среде, которая силой анафемы на обидящих церковь добилась уступки великого князя после собора 1503 г.
Ведь люди этого духа, Геннадий Новгородский, Иосиф Волоцкий – не раз сочувственно озирались на Запад, цитируя ревность Филиппа I в борьбе с еретиками и неправоверными и т. п. Из их круга должен был выйти и автор «Слова», составленного по поручению какого-то архиепископа, едва ли, действительно, не Геннадия, как предполагает Павлов. Однако подобные тенденции не имели будущего на московской почве. «Плечи мирские», на которые церковь пыталась опираться, оказались слишком мощными и заставили ее платить за свою опеку и поддержку полной покорностью. Хотя и не в той форме, к какой было потянулся Иван III, но конфликт двух властей разрешился на деле в пользу власти светской.
Барон Герберштейн, описавший Московию времен Василия III, сообщает, что прежде митрополиты и архиепископы избирались соборами епископов и архимандритов, и игуменов, «нынешний же государь, как говорят, обыкновенно призывает к себе определенных лиц и из их числа выбирает одного, по своему усмотрению»; по такому же усмотрению избираются епископы, архимандриты, игумены монастырей. Наши летописи записали, как великий князь, избрав старца, повелевал митрополиту поставить его в игумены и послать в такой-то монастырь; на великом князе лежала забота, чтобы монастыри не оставались подолгу без настоятелей, и современная церковная письменность его, а не митрополита упрекает за подобное промедление; в 1514 г. великий князь поручил управление Соловецким монастырем иеромонаху Геласию, «докудова им великий князь игумена даст». Входил великий князь и непосредственно в распоряжение церковным строительством, когда его повелением, с благословения митрополита, строились и освящались церкви, созидаемые на средства монастырской казны, и т. п.; само распоряжение монастырскими средствами и имуществами – стоит при нем под бдительным контролем великокняжеской власти, стянувшей к тому времени все заведование монастырями в руки органов своего дворцового управления.