Звание Героя он получил лишь два года спустя - за испытания самолета-снаряда в Багерове. В ЛИИ было намерение представить Сергея Николаевича в связи с его 50-летием к званию дважды Героя Советского Союза. Этот факт мало известен. Возможно потому, что дальше пожеланий нескольких руководителей дело не пошло, и "бумага" из ЛИИ не вышла. "Бумага" эта представляла собой очередную характеристику Анохина, в которой делался упор на его заслуги в испытательной работе последнего времени - в 1950-е гг.: "... В 1953 г. за участие в испытаниях самолета-снаряда тов. Анохину присвоено звание Героя Советского Союза и Лауреата Сталинской премии. В 1958 г. тов. Анохин впервые провел исследовательские полеты на динамический потолок на самолете МиГ-19, которые позволили создать методику набора больших высот на истребителях. В 1957 г. им были выполнены наиболее трудные катапультные взлеты на самолете СМ-30 в перегрузочном варианте с пороховым ускорителем. За последние годы, 1951 - 1959 гг., проведены большие работы по сваливанию в штопор самолетов Ту-104 и Ту-16, которые дали ценный материал для безопасности полетов. В феврале 1959 г. выполнена исследовательская работа по определению возможности вывода самолета из перевернутого штопора вслепую. Заслуживают особого внимания его исследовательские полеты на длительных нулевых перегрузках для изучения вопросов невесомости, выполненных в 1960 г. на самолете Ту-104. С. Н. Анохин является одним из выдающихся летчиков-испытателей нашей страны".
В черновом варианте этой характеристики, хранящемся в личном деле Анохина в ЛИИ, заключительная фраза выглядела совершенно иначе: "В связи с 50-летием со дня рождения и за заслуги тов. Анохина С. Н. в области испытаний авиационной техники, проявленные при этом мужество и героизм, ходатайствуем о присвоении тов. Анохину звания "Дважды Герой Советского Союза". Этот вариант характеристики был уже подписан секретарем парткома, но не был подписан начальником ЛИИ Н. С. Строевым. Его же, по-видимому, рукой эта заключительная фраза была зачеркнута и заменена признанием Анохина "одним из выдающихся летчиков-испытателей нашей страны". И в дальнейшей жизни Анохина, как мы еще увидим, будут такие обстоятельства, в которых он мог получить и не получил поддержки всемогущего и, казалось бы, "своего" - Н. С. Строева. Может быть, - это обидно. Но "утешение" представляется воистину очевидным: невознагражденные заслуги ценнее незаслуженных наград.
"Лебединой" песней Анохина в летных испытаниях, и песней столь же, яркой, как, пожалуй, еще исследования неизведанных околозвуковых и сверхзвуковых скоростей полета, стали испытания на больших углах атаки самолетов Ту-16 и Ту-104. Они были предприняты после двух катастроф - хабаровской и казанской - самолетов Ту-104 с пассажирами, а также ряда катастроф на Ту-16... Испытания эти были совместными с ОКБ Туполева.
Опережающие исследования начали на машине Ту-16 как прототипе самолета Ту-104 по аэродинамике (они имели одинаковые крыло и оперение). А "104-я" машина - шла вторым эшелоном (у нее не было таких средств спасения, как на Ту-16). Поначалу летали Комаров и Анохин. Потом, когда начали понимать явление, разделились на два экипажа. У Комарова, как вспоминал Щитаев, было 42 полета, в общей сложности, а у Анохина - 26. После летчиков ЛИИ к этой работе подключился летчик ОКБ Ковалев и затем уже - многие другие.
Установку противоштопорных парашютов делали туполевцы, а установку дополнительных средств спасения они делали совместно со "спасателями" ЛИИ. Поскольку программа была связана с повышенной опасностью, на борту никого, кроме двух летчиков не было. Выбор Анохина и Комарова был предопределен тем, что программа испытаний имела и особую сложность. Возможные причины явлений не были известны, и испытания в аэродинамических трубах их не прояснили. Были известны лишь материалы аварийных комиссий. Один из них был уникальным. Борт-радист в казанском "случае" до последнего вел репортаж. Даже успел проститься: "Погибаем, погибаем!"
Василий Архипович Комаров, которого столь ценил Анохин, был не только очень сильным летчиком, но и отличным спортсменом. Щитаев вспоминал: «Комаров играл за сборную военно-воздушных сил в волейбол. У него была изумительная прыгучесть, он выпрыгивал над сеткой на пол-корпуса. В высоту он прыгал "ножницами" на 180 см, а рекорд Союза был тогда 190! В легкой атлетике он выступал за команду ЛИИ и "Крылья Советов".